In 1335 bouwde Bartolomeo di Giacomo de eerste drie verdiepingen van de klokkentoren, die in 1498 werd voltooid door Antonio da Lodi, die het belfort en de bekroning van de toren bouwde in de vorm van een achthoekige tempel. Tussen het einde van de 16e en het begin van de 17e eeuw restaureerde aartsbisschop Matteo Saminiato de kerk en liet in 1599 de doopvont van porfier uit Verona uitvoeren. In 1703 stortte door een verwoestende aardbeving de torenspits van de klokkentoren in. Tussen 1764 en 1770 transformeerde aartsbisschop Francesco Brancia de kerk volledig, waardoor zij haar huidige uiterlijk kreeg. De versiering van het gewelf werd in het midden van de 19e eeuw uitgevoerd door de plaatselijke kunstenaar Del Zoppo.In de 20e eeuw voerde architect Guido Cirilli een 'ontwerp in stijl' uit van het gehele religieuze complex. De eerste fase van de ingreep, in de jaren 1910, betrof vooral de isolatie van de klokkentoren en de versteviging ervan. Vervolgens creëerde hij een bekleding voor het gebouw door het te omsluiten met een muur die niets van de delen van de vorige constructie zichtbaar liet. Hij verenigde het lichaam van de kathedraal met de klokkentoren door een zadeldak te ontwerpen waarboven de voorkant van de gevel oprijst. Hij integreerde de klokkentoren met de reconstructie van de torenspits. Tussen 1970 en 1976 werden restauratie- en consolidatiewerkzaamheden uitgevoerd aan het geheel, waarbij de vroegmiddeleeuwse structuur van de crypte werd blootgelegd en de barokke decoratie werd vernietigd, dankzij de tussenkomst van de toenmalige opzichter Mario Moretti.In het Presbyterium en het Secretariaat bevinden zich mooie doeken van Saverio Persico, een briljante volgeling van de Napolitaanse schilder Francesco Solimena uit de 18e eeuw. Het hoofdaltaarstuk in het Presbyterium stelt de Ongelooflijkheid van de Heilige Thomas voor, terwijl de doeken in het Secretariaat "De voetwassing" en "Het laatste avondmaal" zijn. Een doek van Persico is ook aanwezig in de Kapel van de Onbevlekte Ontvangenis in opdracht van aartsbisschop Nicola Sanchez de Luna (het altaar links van het transept). Ook interessant is de aanwezigheid van een andere leerling van Solimena: Ludovico de Majo, wiens doek zich bevindt in de kapel gewijd aan de heilige Gaetano (het altaar rechts van het transept). Opmerkelijk is het waardevolle houten koor, in 1769 gemaakt door Ferdinado Mosca, de grootste houtsnijder van de Abruzzen.De crypte van de kathedraal van San Giustino heeft een onregelmatige plattegrond, verdeeld in zes kleine beuken van elk twee traveeën. Vandaag de dag lijkt zij geheel uit baksteen te bestaan met stenen elementen alleen in de kolomkapitelen en gebundelde pilasters. In de crypte worden fragmenten bewaard van fresco's uit de 14e en 15e eeuw en een marmeren ark met de relikwieën van Sint Justin, beschermheilige van Chieti en eerste bisschop van de stad, in 1432 gebeeldhouwd door bisschop Marino del Tocco.Het huidige beeld van de crypte is het resultaat van restauratiewerkzaamheden uitgevoerd tussen 1970 en 1976, waarbij de vroegmiddeleeuwse structuur aan het licht werd gebracht door de barokke decoratie te vernietigen, dankzij de tussenkomst van de toenmalige opzichter Mario Moretti. Moretti liet alle barokke stucversiering verwijderen om de vroegere middeleeuwse indeling van het gebouw te herstellen.Naast de crypte ligt de Kapel van de Aartsbroederschap van de Heilige Berg der Doden, een opmerkelijk voorbeeld van barok met grandioos verguld stucwerk dat vakkundig is gesmeed door de Lombardische stucadoor Giovan Battista Giani, een meester van zeer fijn vakmanschap en van groot belang voor dit type decoratie in onze regio. De gehele decoratie van de kapel is zeer symbolisch en benadrukt de dictaten van het werk van de Aartsbroederschap. Het kostbare altaarstuk is het werk van Paolo De Mattheis, een kunstenaar van de Napolitaanse school van Solimena, en stelt een Sancta Maria succurre miseris voor, weergegeven met ruime draperie en kostbare pastelkleuren. Let op het Zegenkind dat op een kussen op de benen van de Maagd staat en zijn blik, en dus zijn zegen, naar de toeschouwer richt, terwijl de Madonna zich tot de zielen beneden richt.De kapel behoort nog steeds toe aan de Aartsbroederschap van de Heilige Dodenberg van Chieti, een belangrijke en zeer oude congregatie die de riten van de Goede Vrijdagprocessie verzorgt en bewaakt.