Górny KościółW okresie epidemii, a dokładnie w 1605 roku, grupa szlachty założyła Opera Pia, świeckie zgromadzenie, którego głównym celem była opieka nad duszami czyśćcowymi. W związku z tym, na podstawie projektu Giovan Cola di Franco, kościół został od początku zbudowany na dwóch poziomach: kościół górny, prawdziwe arcydzieło neapolitańskiego baroku, oraz kościół dolny lub hypogeum, który do dziś jest miejscem kultu dusz czyśćcowych.Górny kościół jest niewielki i bogato zdobiony polichromią marmurową i malowidłami.Cenna dekoracja prezbiterium w marmurowych commessi jest dziełem Dioniso Lazzari. Na ołtarzu głównym znajduje się obraz Massimo Stanzione przedstawiający "Madonnę z duszami czyśćcowymi", a nad nim "Św. Anna ofiarowująca Dzieciątko Ojcu Przedwiecznemu" autorstwa Giacomo Farelli. Zdumiewająca jest jednak dekoracja na tylnej ścianie za ołtarzem, na której znajduje się skrzydlata czaszka, arcydzieło Lazzariego, dziś niewidoczne dla osób siedzących w nawie, ponieważ zasłonił je ołtarz zbudowany w XVIII wieku.HypogeumAle poniżej głównego kościoła znajduje się jeszcze jeden, który jest odzwierciedleniem tego powyżej. Jest to Hypogeum, które stoi w całkowitej opozycji do swojego bliźniaka, ponieważ jest nagie, ciemne i pozbawione dekoracji. Zostało pomyślane jako sugestywne zejście do czyśćca, a więc miejsce przejścia przed boską chwałą. To miejsce, w którym wierni nawiązywali szczególną relację z doczesnymi szczątkami, tworząc kult graniczący z pogaństwem i zabobonem.Kult tenKult dusz pezentelowskich (od petere, łac. "pytać") był bardzo silny. Polegał on na adoptowaniu czaszki lub wzięciu czaszki od jednego z wielu pochowanych tu zmarłych, oczyszczeniu jej, umieszczeniu w małym ołtarzyku i modlitwie za nią, aby ułatwić jej przejście z czyśćca do zbawienia. Do żywych należało ułatwienie wejścia na górę i zapewnienie orzeźwienia z płomieni zaświatów poprzez modlitwy, msze i ofiary.Gdy dusza została uratowana, pomagała tym, których modlitwy ją uratowały, spełniając ich prośby. Były to drobne prośby, takie jak problemy związane z codziennym życiem, od spraw ważnych byli święci. W każdym razie między duszą a tymi, którzy pozostali, by cierpieć na ziemi, tworzył się bliski i nierozerwalny związek. Żyjący dbali o czaszkę jako święty talizman, budowali ołtarze, które były prawdziwymi małymi domkami, wykonanymi z kartonu lub drewna, ozdabiali je świętymi kartkami, różańcami, a nawet biżuterią lub cennymi artefaktami i przedmiotami codziennego użytku. Często te małe domki były budowane z płytek kuchennych właśnie po to, aby zmarły czuł się jak w domu.Koniec kultuKult ten, nieoficjalny i dlatego nigdy nie uznany, był popierany przez Kościół, ponieważ pozwalał na zbieranie ofiar i datków, ale w 1969 roku został ostatecznie zakazany, ponieważ uznano go za pogański. Tak głębokie przenikanie się życia i śmierci mogło być do pomyślenia w XVII wieku, kiedy to było w zasadzie normalne, ale nie w czasach współczesnych. Mimo to zamknięcie hypogeum wywołało prawdziwe sceny paniki z ludźmi wdzierającymi się siłą i w rzeczywistości kult trwał nadal. Dopiero trzęsienie ziemi w 1980 roku przerwało tę praktykę, czyniąc hypogeum na długi czas niezamieszkałym. Stopniowo tracono też kult i dochodziło do licznych kradzieży, ponieważ grobowce były pełne złota i biżuterii.Kościół i hypogeum zostały ponownie otwarte dopiero w 1992 roku przez Superintendencję Dziedzictwa Artystycznego i Historycznego Neapolu i do dziś są otwarte dla zwiedzających. Oprócz kościoła i hypogeum można również zwiedzić małe muzeum w Operze, w którym znajdują się przedmioty kościelne z różnych okresów.
