Kostol San Matteo, ktorý Doria postavila ako svoju vlastnú šľachtickú kaplnku, má výhľad na malé námestie Piazza San Matteo v Janove.Po rekonštrukcii šestnásteho storočia interiér s tromi loďami takmer úplne stratil svoj pôvodný gotický charakter, z ktorého zostávajú iba štyri ogiválne oblúky na spodnej časti kupoly, podporované dvoma stĺpmi smerom k presbytériu a dvoma stĺpmi smerom k námorným lodiam. Centrálna loď je oddelená od bočných stĺpov. Zbor, oltár s trofejami, dve kazateľnice a urny presbytéria sa pripisujú Silvio Cosini a Giovanni Angelo Montorsoli. Všetky prítomné dekorácie možno pripísať renovácii šestnásteho storočia. V klenbe lode je zázrak etiópskeho draka Luca Cambiaso a povolanie San Matteo Giovanni Battista Castello. Na oltári napravo od majora je umiestnený obraz Svätej Rodiny so Svätou Annou od Bernarda Castella zo šestnásteho storočia; na ľavej strane Kristus medzi svätými a darcami Andrea Semino. Na stenách presbytéria sú mramorové oblúky svätých Pelagiusa a Maximusa, patrónov Novigradu, na Istrii, ktorých relikvie by v roku 1381 dopravil Gaspare Spinola do Janov. Pod vysokým oltárom sa zachoval meč patriaci k "Otcovi vlasti" Andrea Doria, ktorý mu dal podľa tradície Pápež Pavol III. Vo výklenku v Lodi je depozícia Ježiša v hrobke, polychrómna drevená socha Antona Maria Maragliana, zatiaľ čo sochy vo výklenkoch apsidy (Mercy, inšpirované Michelangelom, Davidom, Jeremiášom, Jánom Krstiteľom a svätým Ondrejom) sú dielom Montorsoliho, ktorý tiež v krypte pod zborom, s časom v zlacenej štuku, ku ktorej pristupuje mramorové schodisko, v ktorom sa nachádza hrobka Andrea Doria, tiež dielo toho istého umelca.
