Krypten af San Magno blev bygget af biskop Pietro da Salerno på samme tid som katedralen mellem 1072 og 1104. Det skulle tjene som en skattekiste til bevarelse af alt, hvad en katedral har det mest hellige: de helliges relikvier. Rummet har tre gange med hensyn til de af den øvre kirke og tre apses. De tolv søjler identificerer enogtyve gange, som med deres respektive vægge er dekoreret af en billedcyklus med enestående skønhed, der fortæller historien om menneskets frelse, fra hans skabelse til tidens ende. Freskerne tilskrives tre workshopsorkshops af anonyme kunstnere kendt som første Master of Anagni eller Master of translations, anden Master of Anagni eller Master Ornatist og tredje Master of Anagni. Af stilistiske og historiske grunde er kryptens fresker placeret mellem slutningen afiiii århundrede og første halvdel af .iii århundrede.
