Gravarna flyttades från den tidigare kyrkan Sankt Franciskus, som nu är en monumental ruin utan tak, till den inre delen av portiken och monterades där 1659. Som den ser ut i dag är dock portiken resultatet av en nygotisk ombyggnad som färdigställdes 1850 av ingenjören Filippo Bandini. Graven för Paola Bianca Malatesti, Pandolfo III:s första hustru, är utsmyckad med statyetter, korbeller, hängande bågar och vridna kolonner som kröner bilden av den avlidna, som ligger på locket till den genomarbetade sarkofagen. Det är ett autentiskt mästerverk av sent gotisk skulptur av venetiansk import, av Maestro Filippo di Domenico. Mer blygsam är Bonetto da Castelfrancos grav, som beställdes av Sigismondo Malatesti för att förvara kvarlevorna av hans trogna läkare. På motsatt sida av portalen ligger Pandolfo III Malatestis renässansgrav som beställdes av hans son Sigismondo, som med all sannolikhet anförtrodde designen åt Leon Battista Alberti. Under en nyligen genomförd restaurering av hela det monumentala komplexet hittades oväntat Pandolfo III:s mumifierade kropp.
