De Crypte van de oorspronkelijke zonde was de plaats van aanbidding van een Benedictijnse grot uit de Lombard periode. Het is versierd door een cyclus van fresco ' s gedateerd tussen de VIII en IX eeuw, getekend door de kunstenaar bekend als de schilder van bloemen van Matera en het uitdrukken van de historische kenmerken van benedictijn-Benevento kunst. De linkermuur wordt verlevendigd door drie niches, waarop respectievelijk de Triarchieën van de apostelen, de maagdelijke koningin en de Aartsengelen worden afgebeeld. Aan de andere kant wordt de achterwand verlevendigd door een grote picturale cyclus die afleveringen van de schepping en de erfzonde weergeeft.
