Kryptan av den ursprungliga synden var platsen för dyrkan av en Benediktinisk grotta i Lombard-perioden. Den är utsmyckad av en cykel av fresker daterad mellan VIII och IX århundraden, ritad av konstnären känd som målare av blommor av Matera och uttrycka de historiska egenskaperna hos Benedictine-Benevento konst. Den vänstra väggen är livad av tre nischer, på vilka avbildas respektive apostlarnas Triarkier, Jungfrudrottningen och ärkeänglarna. Den bakre väggen, å andra sidan, är livad av en stor bildcykel som visar episoder av skapelse och Original synd.
