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Lieu d'une profonde sacralité, la crypte a été choisie par Saint Charles Borromée comme son lieu de prière personnel, où il se rendait tous les mercredis et vendredis après-midi. Il n'était pas rare de le voir passer des nuits entières dans ce qu'il appelait lui-même "le gymnase du Saint-Esprit", en adoration du simulacre du tombeau du Christ. C'est pourquoi, après sa canonisation, une statue en terre cuite polychrome représentant le saint agenouillé devant le sarcophage a été placée.
La crypte permet également aux visiteurs d'entrer en contact avec l'un des plus anciens témoignages de l'histoire de la ville. Le pavage, constitué de grandes dalles de pierre blanche de Vérone, provient du pavage de l'ancien forum romain du IVe siècle, la place principale de la civitas romaine, où se déroulaient les principales activités civiles et religieuses.
Réouverte au public après cinquante ans en 2016, la crypte a ensuite fait l'objet d'un projet complexe de restauration financé par la MIBAC et achevé à la fin du printemps 2019, visant principalement à récupérer les surfaces décorées. En effet, grâce à la restauration, d'admirables fresques et décorations ont refait surface, comme le cycle ornemental des étoiles et des éléments végétaux sur les voûtes du presbytère, datant de la fin du XIIIe siècle. Les deux belles et intenses crucifixions ont également été restaurées (l'une dans l'escalier en bas, l'autre au XIVe siècle dans le presbytère), les trois figures debout de Madeleine, Jean-Baptiste et Hélène, la mère de Constantin (ou peut-être Sainte Catherine d'Alexandrie), Le dîner dans la maison de Simone, dans l'aile gauche du presbytère, les fresques du XVIe siècle de la Madone de Lorette et de la Vierge et des Saints Rocco et Giovanni Battista dans l'atrium et les stucs et décorations du XVIIe siècle dans l'abside, représentant les instruments de la passion.
