Das Museo Lapidario Estense ist das erste öffentliche Museum, das in Modena eingerichtet wurde. Seine Gründung ist Herzog Francesco IV. von Österreich-Este zu verdanken, der am 31. März 1828 seine Gründung mit dem Namen Museo Lapidario Modenese verfügte. Es wurde von illustren Beispielen wie dem Museo Lapidario Maffeiano in Verona (1738) oder der Galleria Lapidaria im Chiaramonti-Museum im Vatikan (1800-1823) inspiriert, aber mit einer eigentümlichen bürgerlichen Berufung, die darauf abzielt, die illustre Vergangenheit der Stadt seit ihren Ursprüngen als römische Kolonie der Mutina zu verherrlichen.
Der ursprüngliche Kern bestand aus einigen bereits im Herzogspalast von Modena erhaltenen Stücken, die die Este aus anderen antiken Sammlungen oder als Ausgrabungsfunde aus den herzoglichen Territorien von Brescello und Novellara erwarben. Von Anfang an verpflichteten sich die Bürger, angefangen bei den Vertretern des Klerus und des Adels, zur Schenkung von Materialien, die ihnen gehörten, und zur Finanzierung des Museums, das innerhalb weniger Jahre eine bedeutende Erweiterung erfuhr, die durch die beiden noch heute erhaltenen Gedenkinschriften seiner Wohltäter (von 1828 und 1830) belegt wird. Der wissenschaftliche Katalog, der 1830 von seinem ersten Direktor Carlo Malmusi veröffentlicht wurde, legte die Leitprinzipien der Institution fest: "der Archäologie zu dienen", "illustre Vorfahren zu ehren" und "den Fortschritt der lokalen Bildhauerei zu studieren". Zusätzlich zu den Funden aus der römischen Epoche begrüßte sie sofort Erinnerungen und Grabbögen, die jahrhundertelang, bis ins späte siebzehnte Jahrhundert, auf dem Kirchhof in der Nähe der Südseite der Kathedrale oder anderer sakraler Gebäude in Modena und Reggio Emilia aufgestellt worden waren: eine Praxis, die sich bereits in proto-humanistischer Zeit auf der Grundlage des nahe gelegenen Bologna herausgebildet hatte, im Gedenken an jene Bürger, die sich vor allem auf dem Gebiet des Rechts und der Medizin hervorgetan hatten.
Nach der Vereinigung Italiens erwarb das Lapidarium neue Räume unter der Leitung von Arsenio Crespellani, Autor eines neuen Katalogs im Jahr 1897. Der letzte museographische Auftrag war der von Cesare Giorgi im Jahr 1938, der durch die sorgfältigen Restaurierungsarbeiten Ende des letzten Jahrhunderts wieder hergestellt wurde.
