Muzeul Lapidario Estense este primul muzeu public stabilit în Modena. Înființarea sa se datorează Ducelui Francisc al IV-lea de Austria-Este, care la 31 Martie 1828 și-a decretat nașterea cu numele muzeului lapidar Modenese. Acesta a fost inspirat de ilustre exemple, cum ar fi Maffeiano Lapidar Muzeu din Verona (1738), sau lapidar Galerie Chiaramonti Muzeul din Vatican (1800-1823), dar cu o deosebită vocație civică vizează glorificând trecutul ilustru al orașului încă de la originile sale ca o colonie Romană de Mutina.
Nucleul inițial a constat din unele piese deja conservate la Palatul Dogilor din Modena, a achiziționat de la Este la alte ediții colecții sau ca excavare găsește la Ducal teritorii din Brescello și Novellara. Încă de la început, cetățenii, începând cu reprezentanții clerului și ai nobilimii, s-au angajat să doneze materiale pentru proprietățile lor și să finanțeze muzeul, care în câțiva ani a înregistrat o creștere semnificativă, certificată de cele două inscripții comemorative ale binefăcătorilor săi (1828 și 1830) este încă păstrat. Catalogul științific publicat în 1830 de către primul său director, Carlo Malmusi, a stabilit principiile care au inspirat instituția:" pentru a servi Arheologie "," pentru memoria strămoșilor ilustre "și" pentru a studia progresul sculpturii locale ". În plus față de descoperirile de epocă romană, în fapt, a salutat imediat în amintiri și arche de înmormântare timp de secole, până în secolul al Xvii-lea, a fost plasat în curtea bisericii, în partea de sud a Catedralei sau în alte clădiri sacre din Modena și Reggio Emilia: o practică au apărut chiar și în epoca de protoumanistica, pe baza de lângă Bologna, în memoria celor cetățenii care s-au distins mai presus de toate în domeniul de drept și medicină.
După unificarea Italiei, Muzeul Lapidario a achiziționat noi spații sub conducerea lui Arsenio Crespellani, autorul unui nou catalog în 1897. Ultimul aranjament muzeografic a fost cel al lui Cesare Giorgi din 1938, recuperat odată cu lucrările atente de restaurare de la sfârșitul secolului trecut.