Le Museo Lapidario Estense est le premier musée public établi à Modène. Sa fondation est due au duc Francesco IV d'Autriche-Este qui, le 31 mars 1828, a décrété sa naissance sous le nom de Museo Lapidario Modenese. Elle s'inspire d'exemples illustres comme le Museo Lapidario Maffeiano de Vérone (1738), ou la Galleria Lapidaria du musée Chiaramonti au Vatican (1800-1823), mais avec une vocation civique particulière visant à glorifier le passé illustre de la ville depuis ses origines comme colonie romaine de Mutina.
Le noyau initial était constitué de quelques pièces déjà conservées dans le Palais ducal de Modène, acquises par les Este auprès d'autres collections antiques ou comme pièces de fouilles provenant des territoires ducaux de Brescello et Novellara. Dès le début, les citoyens, à commencer par les représentants du clergé et de la noblesse, se sont engagés à donner des matériaux leur appartenant et à financer le musée, qui en l'espace de quelques années a connu une expansion importante, attestée par les deux épigraphes commémoratives de ses bienfaiteurs (de 1828 et 1830) encore conservées aujourd'hui. Le catalogue scientifique publié en 1830 par son premier directeur, Carlo Malmusi, énonçait les principes directeurs de l'institution : "servir l'archéologie" ;, "commémorer les illustres ancêtres" ; et "étudier les progrès de la sculpture locale" ;. Outre les découvertes de l'époque romaine, elle a immédiatement accueilli des souvenirs et des arcs funéraires qui, pendant des siècles, jusqu'à la fin du XVIIe siècle, avaient été placés sur le cimetière près du côté sud de la cathédrale ou d'autres édifices sacrés de Modène et de Reggio Emilia : une pratique qui avait déjà vu le jour à l'époque protohumaniste, sur la base de Bologne, toute proche, en mémoire des citoyens qui s'étaient surtout distingués dans le domaine du droit et de la médecine.
Après l'unification de l'Italie, le Musée Lapidaire a acquis de nouveaux espaces sous la direction d'Arsenio Crespellani, auteur d'un nouveau catalogue en 1897. La dernière commande muséographique est celle de Cesare Giorgi en 1938, récupérée grâce aux travaux de restauration minutieux de la fin du siècle dernier.