Seit 2011 ist der gesamte Komplex Teil der Stätte "Langobarden in Italien: Orte der Macht", die in die UNESCO-Liste des Welterbes aufgenommen wurde. Rund um die Kirche, die auf das Jahr 760 zurückgeht und ein großartiges Zeugnis der architektonischen und bildhauerischen Kunst der Langobarden darstellt, entstanden zahlreiche Bauwerke. Kurz darauf wurde das Benediktinerkloster errichtet, während nach 1119 weitere Veränderungen geplant wurden: Der romanische Glockenturm und andere Elemente desselben Stils wie Säulen und Flachreliefs wurden hinzugefügt. Die mittelalterlichen Anbauten stürzten um 1700 aufgrund von Erdbeben ein, und die Kirche wurde im Barockstil wiederaufgebaut und erheblich vergrößert.
Der Brunnen aus dem Jahr 1806 wurde von dem Architekten Nicola Colle De Vita entworfen und besteht aus einem runden Becken, in dessen Mitte ein Obelisk steht, auf dessen Rücken vier Löwen sitzen, aus deren Mäulern Wasser sprudelt. Der Obelisk wurde von einer Weltkugel mit dem Reichsadler, dem Emblem des napoleonischen Frankreichs, in Bronze überragt.
Der erste Glockenturm wurde von Gregor II., Abt von St. Sophia, zwischen 1038 und 1056 unter dem Fürstentum von Pandulf III. erbaut, wie auf einer in die Südwand des heutigen Turms eingelassenen Tafel zu lesen ist, und schützte die Grabstätte von Arechi II. Bei dem Erdbeben vom 5. Juni 1688 stürzte es ein und fiel auf das monumentale Atrium aus dem Jahrtausend. Der neue Glockenturm wurde 1703 an einer anderen Stelle als der ursprüngliche Glockenturm wieder aufgebaut, und zwar innerhalb der Mauern, die damals das Kloster und den Garten umschlossen. 1915 drohte der Abriss durch die Stadtverwaltung, die es als unnötige Belastung und keineswegs als zu erhaltendes Kunstwerk betrachtete; doch Corrado Ricci setzte sich beim zuständigen Ministerium dafür ein, dass diese Zerstörung nicht durchgeführt wurde. Der Kreuzgang von St. Sophia, der von Abt Johannes IV. in Auftrag gegeben wurde, stammt aus der Mitte des 12. Jahrhunderts und hat einen viereckigen Grundriss, mit Ausnahme einer vertieften Ecke in der nordwestlichen Ecke. Sie besteht aus weiten Arkaden, die von insgesamt 47 Säulen aus Granit, Kalkstein und Alabaster getragen werden, zwischen denen sich Vierlichtfenster mit Hufeisenbögen befinden. Auf den Kapitellen und Pulvinos sind sehr unterschiedliche Szenen dargestellt, und auch die ausführenden Künstler sind vielfältig. Nur ein Kapitell stellt Szenen aus der Kindheit Christi dar. Fünf sind dem Zyklus der Monate gewidmet und mit erklärenden Inschriften versehen. Eine andere Kategorie enthält Szenen von Jagden und Kämpfen zwischen Menschen und Tieren. Es gibt auch Szenen von Kämpfen zwischen Reitern, die in sehr unterschiedlichen Stilen geschnitzt sind. Es gibt auch Zentauren und andere fantastische Tiere. Andere Themen betonen die Laster der menschlichen Natur, insbesondere Zorn und Lust. Biblische Themen sind selten, wie das Symbol des Tetramorphs oder der Heilige Michael, der den Drachen durchbohrt. Die Bögen der Öffnungen sind segmentförmig im maurischen Stil. Sie stützen die große Terrasse darüber, auf die sich die Räume des ehemaligen Klosters öffnen, die heute das Museum von Sannio beherbergen.
Das Kloster war ein kulturelles Zentrum ersten Ranges, so dass es um das Jahr 1000 nicht weniger als 32 Doktoren der freien Künste zählen konnte.
