Mormintele au fost mutate din interiorul fostei Biserici Sfântul Francisc, acum o ruină monumentală fără acoperiș, în subportic și reasamblate acolo în 1659. Așa cum apare astăzi, însă, porticul este rezultatul unei reconstrucții în stil neogotic, finalizată în 1850 de inginerul Filippo Bandini. Mormântul Paulei Bianca Malatesti, prima soție a lui Pandolfo al III-lea, este împodobit cu statuete, cornișe, arcuri suspendate și coloane răsucite care încoronează imaginea defunctei, așezată pe capacul sarcofagului elaborat. Este o capodoperă autentică a sculpturii gotice târzii de import venețian, realizată de maestrul Filippo di Domenico. Mai modest este Mormântul lui Bonetto da Castelfranco, comandat de Sigismondo Malatesti pentru a adăposti rămășițele credinciosului său medic. Pe partea opusă a portalului se află mormântul renascentist al lui Pandolfo III Malatesti, comandat de fiul său Sigismondo, care, după toate probabilitățile, a încredințat proiectul lui Leon Battista Alberti. În timpul recentelor lucrări de restaurare a întregului complex monumental, corpul mumificat al lui Pandolfo al III-lea a fost descoperit în mod neașteptat.
