Le Musée archéologique national de Naples est l'un des plus anciens et des plus importants au monde pour la richesse et le caractère unique de son patrimoine et pour sa contribution à la scène culturelle européenne. L'origine et la formation des collections sont liées à la figure de Charles III de Bourbon, sur le trône du royaume de Naples depuis 1734, et à sa politique culturelle : le roi a promu l'exploration des villes vésuviennes ensevelies par l'éruption de 79 après J.-C. (commencé en 1738 à Herculanum, en 1748 à Pompéi) et a supervisé la construction d'un musée farnesien dans la ville, en transférant une partie de la riche collection héritée de sa mère Elisabeth Farnese des résidences de Rome et de Parme.
C'est à son fils Ferdinand IV que l'on doit le projet de réunir dans le bâtiment actuel, construit à la fin de 1500 avec la destination de cavalière et de 1616 à 1777 siège de l'Université, les deux noyaux de la Collection Farnèse et la collection de pièces vésuviennes déjà exposées dans le Musée Herculanum à l'intérieur de la Reggia di Portici.
A partir de 1777, le bâtiment est affecté par une longue phase de projets de rénovation et d'extension, confiés aux architectes F. Fuga et P. Schiantarelli. Pendant la décennie de la domination française (1806-1815), les premiers aménagements ont été réalisés et avec le retour des Bourbons à Naples en 1816, il a pris le nom de Musée Royal des Bourbons. Conçu comme un musée universel, il abritait des instituts et des laboratoires (la Bibliothèque royale, l'Accademia del Disegno, l'Officina dei Papiri...), transférés ensuite dans d'autres lieux en 1957.
Les collections du musée, devenu national en 1860, se sont enrichies avec l'acquisition de pièces provenant de fouilles en Campanie et en Italie du Sud et de collections privées. Le transfert de la Galerie d'art à Capodimonte en 1957 a déterminé l'aspect actuel du Musée archéologique. Il abrite de précieuses collections et découvertes archéologiques datant de la préhistoire et de la fin de l'époque romaine, ainsi que de nombreuses collections historiques, dont celles de la famille Farnèse, des Borgia et de l'Égypte ancienne.