Le Musée de la Basilique de Saint Eustorgio, qui fait partie, avec la Basilique de Saint Eustorgio et le Musée Diocésain Carlo Maria Martini, du complexe des Cloîtres de Saint Eustorgio, est composé d'importants témoignages monumentaux et historico-artistiques très différents les uns des autres mais d'une importance fondamentale dans le contexte milanais, à partir du Cimetière Paléochrétien, situé sous la nef de l'église, où entre 1959 et 1962 les restes d'une nécropole de l'Antiquité tardive ont été trouvés.
Le musée comprend également les deux salles monumentales de la salle capitulaire et la sacristie monumentale par laquelle vous accédez à la chapelle Portinari. Ce dernier, chef-d'œuvre de l'architecture lombarde de la Renaissance, a été construit entre 1462 et 1468 environ sur commande de Pigello Portinari et constitue un témoignage fondamental des débuts d'un langage de la Renaissance de matrice toscane greffé sur la culture lombarde.
La riche décoration plastique, principalement en terre cuite, qui dialogue avec les splendides fresques de Vincenzo Foppa consacrées aux histoires de Saint Pierre le Martyr, est d'une grande importance. Au centre de la chapelle se trouve l'Arche de Saint-Pierre le Martyr, un extraordinaire témoignage de la sculpture gothique, créé par Giovanni di Balduccio entre 1336 et 1339.
