Le musée Leonardo3 représente une occasion unique de découvrir et d'approfondir le génie multiforme de Léonard. Le public a la possibilité d'interagir avec la production de Léonard de Vinci grâce à plus de 200 machines 3D interactives et à des reconstructions physiques en cours de réalisation, souvent inédites et jamais réalisées auparavant.
Le manuscrit B, le Codex sur le vol et le Codex Atlanticus - qui contiennent la plupart des études de Léonard sur la technologie, la science et l'ingénierie - sont la source historique de la longue reconstruction de l'œuvre du grand génie.
A partir de l'analyse des manuscrits, des machines inédites ont été recréées : le Clavi-Viola, le Lion mécanique, le Sous-marin, l'Arbalète rapide, le Grand Cerf-volant et bien d'autres.
Il est possible de consulter les écrits de Léonard de Vinci en format numérique et d'interagir avec ses inventions par des moyens nouveaux et attrayants, dont certains sont expressément destinés aux enfants, tels que le Laboratoire de Léonard - qui permet d'assembler les inventions de Léonard et d'imprimer son certificat d'inventeur - et le Pont autoportant à assembler physiquement à partir d'éléments en bois.
En ce qui concerne la production artistique, la restauration numérique de la Cène permet d'enquêter et de découvrir les détails et les couleurs désormais perdus de la célèbre peinture murale. La reconstitution de l'atelier de peinture de Léonard en réalité augmentée permet de remonter à l'époque du génie et de comprendre à quoi devait ressembler le réfectoire de Santa Maria delle Grazie lorsque l'artiste terminait ses travaux.
