El Gran Consejo de la ciudad fundó el Museo Arqueológico en 1561. Durante el año 1800 la colección de lápidas romanas se enriqueció con las de P. Vimercati Sozzi y G. Mantovani y más tarde con los hallazgos de la Superintendencia Arqueológica de Lombardía. La sección prehistórica incluye piezas del período Neolítico a la Edad de Hierro del territorio de Bérgamo. Particularmente importantes son las urnas cinerarias del cementerio de Golasecca en Brembate di Sotto. Varias piezas de cementerios son artefactos gálicos y objetos de la cultura romana. La sección de Lapidario muestra lápidas romanas que atestiguan la presencia de familias celtas indígenas y ciudadanos romanos que se habían trasladado al norte. En la sección dedicada a la ciudad, se cuenta la historia de Bérgamo, desde el asentamiento protohistórico de Golasecca hasta el Ayuntamiento romano. Los frescos encontrados en una domus pueden ser fechados entre finales del siglo I y II d.C. Las estatuas llaman la atención por su alta calidad y antigüedad (siglo I a.C.). La sección medieval temprana muestra piezas góticas y lombardas, incluyendo un notable arsenal de guerreros. Algunas cruces de pan de oro son excelentes obras de arte.
