El Museo se construyó dentro del cuerpo principal del Castillo de Montesarchio, una estructura construida en época normanda pero sometida a continuas renovaciones hasta mediados del siglo XIX. Durante este periodo, se construyeron dos cuerpos diferentes, borrando la mayor parte de las estructuras medievales preexistentes, para el uso del edificio como prisión del Reino de Nápoles.
En los años 50, cuando se cerró la cárcel de Borbón, los locales se utilizaron para albergar el orfanato "Mater Orphanorum", activo hasta finales de los años 80. De la estructura medieval original, sólo quedan intactas las fortificaciones exteriores de la época aragonesa y las salas hipogeas utilizadas como cisternas.
La disposición del museo, aún provisional a la espera de que finalicen las obras de restauración del monumento, está dedicada a la historia y la arqueología del Valle de Caudina y se reparte actualmente en seis salas de la primera planta del edificio.
De la reconstrucción del paisaje en la prehistoria (Sala I), acompañada de la exposición de artefactos encontrados en diversas localidades del Sannio Caudino, pasamos a la amplia sección dedicada al sitio de Caudium, el actual Montesarchio (Salas II-IV). Se exponen, por orden cronológico, una serie de objetos procedentes de la necrópolis caudina, datados entre mediados del siglo VIII y el siglo III a.C., que atestiguan la riqueza y la complejidad del yacimiento, implicado en un intenso comercio con las ciudades griegas de la costa y el mundo etrusco-campano. Son especialmente interesantes los numerosos vasos figurativos de producción ática e itálica -sobre todo cráteras- encontrados en tumbas que datan de los siglos V a IV a.C. La última parte del recorrido está dedicada a los otros dos importantes centros del Sannio caudino: Saticula (Sant'Agata dei Goti) y Telesia (S. Salvatore Telesino), de los que se exponen materiales ilustrativos de la rica necrópolis.
