El Museu de la Basílica de sant'eustorgio, que juntament amb la basílica de Sant'eustorgio i Museu Diocesà Carlo Maria Martini és part del complex de la Claustres de Sant'eustorgio, està compost per importants exemples de la monumental, històric i artístic, molt diferents entre ells, però d'una importància fonamental en el context de milà, a partir de la dècada de Cementiri Cristià, que es troba sota la nau de l'església, on entre el 1959 i el 1962 es van trobar les restes d'una necròpolis de finals de l'antiguitat període.
També forma part del museu són les dues monumental habitacions de la sala Capitular i la monumental sagristia a través de la qual es pot accedir a la Capella Portinari. Aquest últim, una obra mestra de la Llombard de l'arquitectura Renaixentista, es va construir entre 1462 i 1468 a la comissió de Pigello Portinari és fonamental testimoni dels inicis de l'època del renaixement llengua de la Toscana Matriu empeltat en Llombard cultura.
Gran alleujament assumeix la riquesa de plàstic decoració, principalment en terracota, que dialoga amb l'esplèndida frescos de Vincenzo Foppa dedicada a les històries de Sant Pere Màrtir. En el centre de la capella és l'Arca de Sant Pere Màrtir extraordinari testimoni de la talla Gòtica, feta per Giovanni Di Balduccio entre 1336 i 1339.