Inaugurat el 2001 pel Cardenal Carlo Maria Martini, a qui era aleshores anomenat per al 2017, el museu és el punt d'arribada d'un important projecte per a que algunes de les grans figures de Milà Papes del segle xx han donat la seva contribució decisiva. Els seus orígens es remunten a una intuïció del Beat Ildefons Schuster en 1931, després pren el Cardenal Montini, el 1960, que indica com a seu del nou museu dels claustres de Sant'eustorgio, un dels fonamental de llocs per a la història de Ambrosiana Cristianisme. Finalment, el Cardenal Martini, a la dècada dels Vuitanta, es va encomanar la difícil tasca de començar la reconstrucció del Claustre, molt malmès pels bombardejos de la Segona Guerra Mundial, va encarregar a la Belgiojoso estudi.El primer Convent Dominic a Milà es troba aquí, a partir del segle xiii, i els dos Claustres, on el Museu de la Basílica de Sant'eustorgio i el Museu Diocesà es troben, són el que queda de l'antic convent.
La col·lecció permanent del Museu Diocesà, que ocupa el segon claustre, es compon de més d'un miler d'obres entre el II i XXI segles. Des de l'Arquebisbat va arribar a les col·leccions de la de Milà papes (part de la Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli col·lecció, i la completa Erba Odescalchi col·lecció).
A més a més de les pintures de les esglésies de la Diòcesi, el museu conserva un important conjunt d'obres de mobiliari litúrgic. La col·lecció es completa amb la secció dedicada a l'or fons (obres dels segles Xiv i xv, sobretot Toscana, recollides per el Professor Alberto Crespí i que va donar al museu), així com escultures i pintures de la col·lecció de Caterina Marcenaro, dibuixos des de la Sozzani recollida i el preciós Schubert llegat.
Finalment, a un primer nucli d'obres escultòriques de Lucio Fontana, s'hi van afegir nombroses obres dels segles XX i XXI, una declaració d'un creixent interès del museu per a la contemporaneïtat.
