Museet för basilikan sant 'Eustorgio, som tillsammans med basilikan Sant' Eustorgio och Museo Diocesano Carlo Maria Martini är en del av komplexet av klostret Sant ' Eustorgio, består av viktiga exempel på monumentala, historiska och konstnärliga, mycket olika bland dem, men av grundläggande betydelse i milanese sammanhang, med början från den tidiga kristna kyrkogården, som ligger under mittskeppet av kyrkan, där mellan 1959 och 1962 hittades resterna av en begravningsplats från slutet av antiken.
Också en del av museet är de två monumentala rummen i Kapitelhuset och den monumentala sakristian genom vilken du kan komma åt Portinari-kapellet. Den senare, ett mästerverk av Lombard renässans arkitektur, byggdes mellan omkring 1462 och 1468 på uppdrag av Pigello Portinari är ett grundläggande vittnesbörd om början av en renässans språk toskanska Matrix ympade på Lombard kultur.
Stor lättnad förutsätter den rika plastdekorationen, främst i terrakotta, som dialoger med de fantastiska freskerna av Vincenzo Foppa tillägnad berättelserna om St Peter martyren. I centrum av kapellet är Ark St Peter martyren extra vittnesbörd om den gotiska skulpturen, gjord av Giovanni di Balduccio mellan 1336 och 1339.