Invigdes 2001 av kardinal Carlo Maria Martini, som det sedan namngavs i 2017, museet är ankomstpunkten för ett viktigt projekt som några av de största siffrorna i Milanese ärkebiskopar av det tjugonde århundradet har gett sitt avgörande bidrag. Dess ursprung går tillbaka till en första intuition av välsignade Ildefonso Schuster 1931, sedan tas upp av kardinal Montini 1960 som indikerar som säte för det nya museet Klostret Sant ' Eustorgio, en av de centrala platserna för historien om Ambrosiska kristendomen. Slutligen, kardinal Martini, på åttiotalet, anförtroddes den svåra uppgiften att starta återuppbyggnadsarbetet av Cloisters, som skadades svårt av bombningen av andra världskriget, som anförtrotts Belgiojoso-studion.Det första Dominikanska klostret i Milano var beläget här, med början i det trettonde århundradet, och de två klostren, där Museet för basilikan Sant ' Eustorgio och Stiftsmuseet är belägna, är vad som återstår av det gamla klostret.
Den permanenta samlingen av Stiftsmuseet, som upptar den andra klostret, består av mer än tusen verk mellan II och XXI århundradena. Från Ärkebiskopens kontor kom samlingarna av de Milanesiska ärkebiskoparna (en del av Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli-samlingen och den fullständiga Erba Odescalchi-samlingen).
Förutom målningar från stiftets kyrkor bevarar museet en betydande grupp verk av liturgiska möbler. Samlingen kompletteras av avsnittet tillägnad guldfonderna (verk av det fjortonde och femtonde århundradet, mestadels toskanska, samlade av Prof.Alberto Crespi och donerade till museet), samt skulpturer och målningar från samlingen av Caterina Marcenaro, ritningar från Sozzani-samlingen och det dyrbara Schubert-arvet.
Slutligen, till en första kärna av skulpturala verk av Lucio Fontana, tillsattes många verk av XX och XXI århundradena, en deklaration om ett växande intresse för Museet för samtidighet.
