Creat în anii 70 cu scopul de a colecta și expune publicului numeroasele descoperiri din săpăturile din Egnazia, este împărțit în secțiuni cronologice și documentează istoria așezării de la origini până la declinul acesteia.De interes special sunt specimene de trozzella, un tipic oală de messapic cultură caracterizată prin roți de plastic – numita "trozze"- aplicat pe mânere. Lângă amenda apule ceramica cu cifrele roșii, există numeroase vase "Gnathia stil", în vopsea neagră se suprapun cu decor în alb și galben, larg răspândită în Puglia.
Amforele, precum și marea varietate de artefacte, origine italiană, africană și estică, mărturisesc importanța comerțului, care a crescut datorită construcției portului și a Via Traiana.Capul superb al lui Attis cu șapca tipică frigiană, aparținând unei statui din epoca lui hadrian și sculptată în marmură albă, este o mărturie a răspândirii cultului de origine la est de Marea Mamă a zeilor Cybele.
