Muzeul de Bazilica sant'eustorgio, care, împreună cu bazilica Sant'eustorgio si Museo Diocesano Carlo Maria Martini face parte din complexul de Mănăstiri de Sant'eustorgio, este compus din exemple importante de monumentale, istorice și artistice, foarte diferite între ele, dar de o importanță fundamentală în milanese context, pornind de la începutul Cimitir Creștin, care se află în naosul bisericii, în cazul în care între 1959 și 1962 au fost găsite rămășițele de o necropolă de la sfârșitul antichității perioadă.
De asemenea, fac parte din muzeu cele două săli monumentale ale casei capitolului și sacristia monumentală prin care se poate accesa Capela Portinari. Acesta din urmă, o capodoperă a arhitecturii renascentiste Lombarde, a fost construit între aproximativ 1462 și 1468 pe comisia lui Pigello Portinari este o mărturie fundamentală a începuturilor unei limbi renascentiste a matricei toscane altoite pe cultura Lombardă.
Marele relief presupune bogatul decor din plastic, în principal în teracotă, care dialoghează cu frescele splendide de Vincenzo Foppa dedicate poveștilor Sfântului Petru Martirul. În centrul capelei se află chivotul Sfântului Petru Martirul mărturie extraordinară a sculpturii gotice, realizată de Giovanni Di Balduccio între 1336 și 1339.