Inaugurat în 2001 de Cardinalul Carlo Maria Martini, căruia i-a fost numit apoi în 2017, Muzeul este punctul de sosire al unui proiect important la care unele dintre cele mai mari figuri ale Arhiepiscopilor milanezi ai secolului XX și-au adus contribuția decisivă. Originile sale datează de la o primă intuiție a Binecuvântat Ildefonso Schuster în 1931, apoi preluată de către Cardinalul Montini, în 1960, care indică ca sediu al noului muzeu mănăstiri ale Sant'eustorgio, unul dintre pivot locuri pentru istoria Ambrozian Creștinism. În cele din urmă, Cardinalul Martini, în anii Optzeci, a fost încredințat cu sarcina dificilă de a începe lucrările de reconstrucție a Cloisters, grav avariat de bombardamentele din cel de-al Doilea Război Mondial, încredințate Belgiojoso studio.Prima mănăstire dominicană din Milano a fost localizată aici, începând cu secolul al XIII-lea, iar cele două mănăstiri, unde se află Muzeul Bazilicii Sant ' Eustorgio și Muzeul Diecezan, sunt ceea ce rămâne din acea mănăstire antică.
Colecția permanentă a Muzeului Diecezan, care ocupă cea de-a doua mănăstire, constă în mai mult de o mie de lucrări între secolele II și XXI. Din Biroul Arhiepiscopului au venit colecțiile arhiepiscopilor milanezi (parte a colecției Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli și colecția completă Erba Odescalchi).
Pe lângă picturile din bisericile diecezei, Muzeul păstrează un grup semnificativ de lucrări de mobilier liturgic. Colecția este completată de secțiunea dedicată fonduri de aur (lucrări din secolul Xiv-xv, cea mai mare parte Toscan, colectate de către Prof. dr. Alberto Crespi și donat muzeului), precum și sculpturi și picturi din colectia Caterina Marcenaro, desene din Sozzani de colectare și prețioase Schubert moștenire.
În cele din urmă, unui prim nucleu de lucrări sculpturale ale lui Lucio Fontana, i s-au adăugat numeroase lucrări din secolele XX și XXI, o declarație de interes tot mai mare al muzeului pentru contemporaneitate.