Muzeum bazyliki Sant Eustorgio, które wraz z bazyliką Sant Eustorgio i diecezjalnym Muzeum Carlo Maria Martini jest częścią kompleksu klasztorów Sant Eustorgio, składa się z ważnych monumentalnych i historycznych dowodów artystycznych, które bardzo się od siebie różnią, ale mają kluczowe znaczenie w kontekście mediolańskim, począwszy od cmentarza wczesnochrześcijańskiego, który znajduje się pod nawą kościoła, gdzie w latach 1959-1962 odkryto pozostałości późnochrześcijańskiej nekropolii.
Muzeum jest również częścią dwóch monumentalnych pomieszczeń Capitol Hall i monumentalnej zakrystii, przez którą można dostać się do kaplicy Portinari. Ten ostatni, arcydzieło architektury renesansowej Lombardii, został zbudowany w latach 1462 i 1468 o komisji Pigello Portinari jest świadectwem ważne na początku, renesansowy język masywu Toskanii jest uzależniony od kultury Lombardii.
Duża ulga obejmuje bogatą plastikową dekorację, głównie terakotę, która współdziała ze wspaniałymi freskami Vincenzo Foppy poświęconymi historiom Świętego Piotra męczennika. W centrum kaplicy znajduje się Arka św. Piotra męczennika, świadcząca o gotyckiej rzeźbie wykonanej przez Giovanniego di Balduccio w latach 1336-1339.
