Od otwarcia w 2001 roku przez kardynała Carlo Maria Martini, w którym był wtedy pod nazwą w 2017 roku, muzeum jest punktem przybycia ważnego projektu, w którym dał swój decydujący wkład do jednych z największych figurki arcybiskupów Mediolanu XX wieku. Jego początki sięgają pierwszego zrozumienia Błogosławionego Ildefonso Schustera z 1931 r., a następnie odnowionego przez kardynała Montiniego w 1960 r., który wskazuje jako miejsce Nowego Muzeum klasztory św. Będzie wreszcie kardynał Martini, W latach osiemdziesiątych, trudne zadanie, aby dać początek prac remontowych klasztoru, który został poważnie uszkodzony w wyniku bombardowań II wojny światowej powierzonych studiom Belgiojoso.Znajdował się tu, począwszy od dwustu, pierwszy dominikański Klasztor mediolański i dwa klasztory, w których znajduje się muzeum bazyliki św. Eustorgiusza i Muzeum Diecezjalne, stąd to, co pozostało z tego starożytnego klasztoru.
Stała kolekcja Muzeum Diecezjalnego, która zajmuje drugą siedzibę, składa się z ponad tysiąca prac między II a XXI wiekiem. Z placu Arcybiskupiego pochodziły zbiory arcybiskupów Mediolanu (część kolekcji Montiego, Viscontiego, Riccardiego, Pozzobonellego i pełna kolekcja Erba Odescalci).
Oprócz obrazów z kościołów diecezji, w muzeum znajduje się znaczna grupa dzieł mebli liturgicznych. Uzupełnieniem kolekcji jest sekcja poświęcona fundacjom złota (głównie toskańskie dzieła z XIV i XV wieku, zebrane przez profesora Alberto Crespiego i przekazane muzeum), a także rzeźby i obrazy z kolekcji Catherine Marsenaro, rysunki z kolekcji Sozzani i cenne dziedzictwo Schuberta.
Wreszcie do pierwszego rdzenia prac rzeźbiarskich Lucjusza Fontany dodano liczne dzieła XX i XXI wieku, co świadczy o rosnącym zainteresowaniu Muzeum nowoczesnością.
