Tsitadellis saab külastada ka Muhammad Ali haremi paleed. Prints Muhammad Ali palee muuseum Manialis on üks ilusamaid ja tähtsamaid ajaloolisi muuseume Egiptuses. Muuseum eksponeerib üht olulist perioodi kaasaegse Egiptuse ajaloos ja seda iseloomustab selle arhitektuurne kujundus. Selle kaasaegne islami stiil sulandub pärsia ja mamluki elementidega. Samuti on see inspireeritud Süüria, Maroko ja Andaluusia motiividest ning osmani stiilist. Hoone on seega kooskõlas mitme islami arhitektuuritraditsiooni vahel.
Prints Muhammad Ali Tawfiki palee rajati aastatel 1319-1348 AH/ 1900-1929 pKr ja see koosneb välismüürist, mis ümbritseb palee sissepääsu. Müüride sees on vastuvõturuum, kellatorn, Sabil, mošee, jahimuuseum, eluruumid, troonisaal, eramuuseum ja kuldne saal, lisaks paleed ümbritsevale imelisele aiale. Vastuvõtupalee on esimene asi, mida paleesse sisenedes näete. Selle suurejoonelised saalid, mis on rikkalikult kaunistatud plaatide, lühtrite ja nikerdatud lagedega, olid mõeldud mainekate külaliste, näiteks kuulsa prantsuse helilooja Camille Saint-Saëns'i vastuvõtmiseks, kes andis palees erakontserte ja kirjutas osa oma muusikast, sealhulgas klaverikontserdi nr. 5 pealkirjaga "Egiptus". Vastuvõtusaalis on haruldased antiikesemed, sealhulgas vaibad, mööbel ja kaunistatud araabia lauad. Räägitakse, et printsil oli meeskond, kelle ülesandeks oli otsida haruldasi esemeid ja tuua need talle, et neid oma palees ja muuseumis eksponeerida.
Palee koosneb kahest korrusest. Esimeses on aukoda riigimeeste ja suursaadikute vastuvõtmiseks ning vastuvõtusaal vanemate jumalateenistujate jaoks, kes istuvad iga nädal enne reedepalveid koos printsiga, ning ülemine sisaldab kahte suurt saali, millest üks on kujundatud Maroko stiilis, kus selle seinad olid kaetud peeglite ja faksiinplaatidega, samas kui teine saal oli kujundatud levanti stiilis, kus seinad on kaetud puust värviliste geomeetriliste ja lillemotiividega, millel on Koraani kirjad ja luuletussalmid.
Residentide palee on sama muljetavaldav ja üks kõige peenemaid esemeid seal on 850 kg puhtast hõbedast valmistatud voodi, mis kuulus vürsti emale. See on peamine palee ja esimene hoone, mis ehitati. See koosneb kahest korrusest, mis on ühendatud redeliga. Esimesel korrusel asuvad purskkaevu fuajee, haramlik, peeglisaal, sinine salongituba, merekarpide salongituba, šekma, söögituba, kaminaruum ning vürsti kabinet ja raamatukogu. Kõige huvitavam ruum on ehk sinine salong, mille nahksohvad on toetatud siniste fööniplaatidega ja orientalistlike õlimaalidega kaunistatud seintele.
Pärast seda on troonipalee, mis on üsna vapustav vaadata. See koosneb kahest korrusest, alumist nimetatakse troonisaaliks, selle lagi on kaetud päikesekettaga, mille kuldsed kiired ulatuvad ruumi nelja nurka. Diivan ja toolid on kaetud velooriga, ruumis on suured pildid mõnest Egiptuse valitsejast Mohamed Ali perekonnast, samuti maalid Egiptuse maastikest. Siin võttis vürst oma külalisi teatud puhkudel, näiteks pühade puhul, vastu. Ülemine korrus koosneb kahest saalist talveperioodi jaoks ning haruldasest ruumist, mida nimetatakse Aubusson-kambriks, sest kõik selle seinad on kaetud prantsuse Aubussoni tekstuuriga. See on pühendatud prints Mohamed Ali emapoolse vanaisa Ilhami pasa kollektsioonile.
Teine suur ruum on Kuldne saal, mis sai oma nime sellepärast, et kõik selle seinad ja lagi on kullaga kaunistatud, ja mida kasutati ametlikeks pidustusteks, hoolimata sellest, et seal ei ole antiikmööblit. Võib-olla on see seletatav sellega, et selle seinad ja lagi on kaetud nikerdatud kullatud lille- ja geomeetriliste motiividega. Prints Mohamed Ali kolis selle saali tegelikult oma vanaisa Ilhami passa majast, kes ehitas selle algselt sultan Abdul Majid I vastuvõtmiseks, kes käis seal Ilhami passa auks tema võidu puhul Venemaa keisririigi vastu Krimmi sõjas.
Palee juurde kuuluvas mošees on rokko-stiilis lagi ja siniste keraamiliste plaatidega kaunistatud mihrab (nišš) ning paremal on väike minbar (kantsel), mis on kaunistatud kullatud ornamentidega. Keraamikatööde autoriks on armeenia keraamik David Ohannessian, kes on pärit Kutahyast. Mošees on kaks iwanit, idapoolne iwan on väikeste kollaste klaasist kuplite kujuline, läänepoolne iwan on kaunistatud päikesekiirte kaunistustega.
Kellatorn asub palee sees asub vastuvõtusaali ja mošee vahel. See ühendab endas Andaluusia ja Maroko tornide stiili, mida kasutati öösel tule ja päeval suitsu abil sõnumite jälgimiseks ja saatmiseks, ning selle külge on kinnitatud tippu paigutatud kell, mille näitajad on kahe mao kujulised. Torni allosas on Koraani kirjad, nagu ka paljudes teistes palee osades.
Palee kujunduses on ühendatud Euroopa juugendstiil ja rokokoo traditsiooniliste islami arhitektuuristiilidega, nagu mamluki, osmani, maroko, andaluusia ja pärsia arhitektuuristiilid. Kuningliku ajastu jooksul korraldas prints Mohamed Ali seal palju pidusid ja kohtumisi riigi tipp-pashade ja ministrite, väärikate isikute, kirjanike ja ajakirjanike jaoks. Prints palus, et palee muudetaks pärast tema surma muuseumiks.
Pärast 1952. aasta revolutsiooni konfiskeeriti Mohamed Ali pasa järeltulijate valdused ning palee muudeti muuseumiks ja avalikkus sai lõpuks ometi ise näha, millises hiilguses elasid kuninglikud perekonnad.