Kościół i Klasztor San Damiano znajdują się na obrzeżach centrum Asyżu. Kompleks pierwotnie był klasztorem benedyktyńskim, którego zapisy sięgają 1030 roku.
Do kościoła można dotrzeć przez kaplicę: po prawej stronie znajduje się Madonna z Dzieciątkiem, z Ss. Francis, Clare, Bernardino and Jerome-fresk lokalnego malarza z połowy XIV wieku.
Kościół posiada jedną nawę, z ostrołukowymi sklepieniami kolebkowymi i głębokim chórem. Zaraz po prawej stronie wejścia znajduje się okno, z którego Święty Franciszek wyrzucił pieniądze, które ksiądz San Damiano odrzucił na odbudowę kościoła. Wzdłuż ścian widoczne są pozostałości tynku, otoczone polichromicznymi obramieniami, przygotowanymi do fresków, które nigdy nie zostały wykonane. W kaplicy, która została dodana w 1535 roku, znajduje się drewniany krucyfiks (wyrażenie na twarzy Chrystusa zmienia się w zależności od punktu widokowego), wyrzeźbiony przez Fra Innocenzo da Palermo w 1637 roku. W ołtarzu głównym znajduje się Kopia krucyfiksu, który przemawiał do świętego Franciszka (oryginał przechowywany jest w Bazylice Santa Chiara). Drewniany chór z 1504 r.częściowo zakrywa małe okno, przez które komunikowali się biedni Klarysi i przed którym przeniesiono ciało św. Franciszka z Porziuncoli do Asyżu.
Wchodząc do przedsionka po prawej stronie, pod którym pochowano czterech towarzyszy św. Klary, docieramy do zakrystii. Po lewej stronie znajduje się prosty chór, na którym znajduje się również mównica św. W ołtarzu znajduje się Ukrzyżowanie, fresk Pier Antonio Mezzastris z 1482 roku. Po lewej stronie widać małą komnatę, w której, jak głosi tradycja, Franciszek schronił się przed ojcem.
Wracając do przedsionka, wspinasz się po kilku schodach, pozostawiając w prawo przez Giardinetto di Santa Chiara (Ogród Świętej Klary), mały taras z widokiem na równinę poniżej.
Zamiast tego, schodząc do krużganka, można podziwiać na dwóch narożnych ścianach freski Eusebio da San Giorgio (1507), św. Franciszka otrzymującego stygmaty i Zwiastowanie. Następnie dociera się do prostokątnego refektarza, z niskimi stropami, podobnymi do krypty, z oryginalnymi ławami i stołami: Krzyż i wazon z kwiatami oznaczają miejsce niegdyś zajmowane przez świętą Klarę.
