Kostel a Klášter San Damiano jsou jen kousek od centra Assisi. Komplex byl původně benediktinským převorstvím, jehož záznamy pocházejí z roku 1030. Do kostela se dostanete kaplí: vpravo najdete Madonu a dítě se Ss. Francis, Clare, Bernardino a Jerome, freska místního malíře z poloviny čtrnáctého století. Kostel má jednu loď, s ogiválními hlaveňovými klenbami a hlubokým chórem. Hned napravo od vchodu je okno, ze kterého Svatý František hodil peníze, které odmítl kněz San Damiano na obnovu kostela. Podél stěn můžete vidět zbytky omítky, ohraničené polychromovanými rámy, připravené pro fresky, které nebyly nikdy vyrobeny. V kapli, která byla přidána v roce 1535, je dřevěný krucifix (výraz na Kristově tváři se mění v závislosti na vyhlídce), vytesaný Fra Innocenzo da Palermo v roce 1637. Na hlavním oltáři je kopie krucifixu, který mluvil se svatým Františkem (originál je uložen v bazilice Santa Chiara). Dřevěný sbor z roku 1504 částečně zakrývá malé okno, kterým komunikovali chudí Clares a před kterým bylo tělo svatého Františka přeneseno z Porziuncoly do Assisi. Když vstoupíte do vestibulu vpravo, pod kterým byli pohřbeni čtyři společníci svaté Kláry, dostanete se do sakristie. Vlevo je jednoduchý sbor, kde najdete také pultík svaté Kláry. U oltáře je ukřižování, freska Piera Antonia Mezzastrise z roku 1482. Vlevo vidíte malou komnatu, kde se podle tradice František uchýlil před svým otcem. Když se vrátíte do vestibulu, vylezete po několika schodech a necháte doprava přes Giardinetto di Santa Chiara (zahrada Saint Clare ' s garden), malou terasu s výhledem na pláň níže. Místo toho, jít dolů do kláštera, můžete obdivovat na dvou rohových stěnách, fresky Eusebio da San Giorgio (1507), Stigmata svatého Františka a Zvěstování. Poté se dostanete do obdélníkového refektáře s nízkými stropy, podobně jako krypta, s původními lavicemi a stoly: kříž a váza květin označují místo, které kdysi obsadila Svatá Klára.