Kiliseyle birlikte görkemli bir kompleks oluşturan San Domenico Maggiore manastırı, 1227 yılında Papa Gregory IX'un Napoli'ye gönderdiği küçük bir Dominiken grubunun Morfisa'daki eski San Michele Arcangelo manastırına yerleşmesiyle başlayan yüzyıllar süren tabakalaşmanın sonucudur. Thomas Aquinas 1272-1274 yılları arasında manastırda kalmış ve Anjou'lu I. Charles tarafından burada kurulan Studium'da teoloji dersleri vermiştir. 1289 yılında manastırda yenileme çalışmaları başlamıştır. Yüzyıllar içinde giderek genişleyerek antik kentin neredeyse dört katı büyüklüğünde bir insula haline gelen ve zaman içinde ziyaretçiler tarafından şehir içinde gerçek bir şehre benzetilen organizasyon, 1669'dan itibaren Bagnara Dükleri'nden Rahip Tommaso Ruffo tarafından teşvik edilen çalışmaların ardından zirveye ulaştı.Kişisel mirasının büyük bir kısmını bu işe harcayan Rahip Ruffo, Aziz Thomas'ın hücresi gibi kompleksin asırlık tarihiyle bağlantılı bazı odaları korumak istemiştir. XVII. yüzyıl boyunca devam eden çalışmalar sonucunda ortaya çıkan görkemli bina üç kola ayrılmıştır: Aziz Thomas yatakhanesi, acemi birliği ve Üstatlar yatakhanesi, bahçe olarak belirlenmiş açık bir alanın etrafında düzenlenmiştir. Aziz Thomas'ın yatakhanesine bitişik olarak birinci katta Yemekhane, Bölüm Evi ve Kütüphane yer alıyordu. Mimarlar Bonaventura Presti, Francesco Antonio Picchiatti ve Luigi Nauclerio bu anıtsal girişimde sırayla görev aldılar. Bugün manastır çeşitli alanlara bölünmüştür: bir bölümü Dominikenler tarafından kullanılmakta, manastır seviyesindeki bir alan Virtus spor salonu tarafından işgal edilmekte, bir diğeri Casanova okul enstitüsü tarafından üç seviyede işgal edilmekte ve son olarak 1990'lara kadar eski Ağır Ceza Mahkemesi'nin sınıflarına ev sahipliği yapan en önemli bölüm mevcut restorasyon çalışmalarının konusudur.Mahkeme salonlarının yanı sıra güvenlik hücrelerini de barındıran bu geniş alanların restorasyonu, asma kat odaları, asma tavanlar ve uyumsuz yapı elemanlarının yaratılmasıyla birlikte, orijinal mimari ve mekansal özelliklerin yeniden yapılandırılmasını ve odalar arasındaki bağlantıların ve tipolojik özelliklerinin yeniden kurulmasını amaçlamıştır. Müdahalenin önemli bir kısmı, bu anıtsal mekânların dekoratif 'kabuğu' ile ilgiliydi; günümüze ulaşan resimsel döngülerin, 17. yüzyıl sonu sıvalarının ve tamamen 1720'lerde dekore edilmiş Aziz Thomas Hücresi'nin yanı sıra, bu mekânların gelecekteki müze organizasyonunun en çekici noktalarından birini oluşturabilecek karmaşık bir organizma olan Karantinalar için Ayin Makinesi de dâhil olmak üzere çok sayıda mobilya parçasının restorasyonu yapıldı. Tamamen restore edilmiş ve yeniden işlevlendirilmiş eski Ağır Ceza Mahkemesi'nin 4.000 metrekaresi ve A Casanova Enstitüsü'nün sadece konsolide edilmiş kanadının 3.000 metrekaresi dahil olmak üzere yaklaşık 7.000 metrekarelik geniş bir alanı kapsayan proje, 2000 yılında başlayan ve birbirini izleyen iki iş bölümüyle noktalanan uzun bir süre boyunca, nitelikli dış danışmanların deneyimlerinin de katkısıyla Napoli ve ilinin Mimari Miras Müfettişliği'nden büyük bir çalışma grubunu içeriyordu.2000'de başlayan ve 2002'de tamamlanan ilk kısım, "Global Grant Ancient Centre of Naples" projesinin ERDF fonları kapsamında Avrupa Topluluğu'nun eş finansmanıyla tarihi Napoli binalarının değerlendirilmesi için aynı Müfettişlik tarafından desteklenen Polis - Musea programının bir parçasıydı. Mayıs 2006'da başlayan ve Temmuz 2011'de tamamlanan ikinci lot, Kültürel Miras ve Etkinlikler Bakanlığı ile Campania Bölgesi arasındaki Çerçeve Program Anlaşmasını takiben, 20.12.2000 tarihli ve 400 sayılı "Kültürel Mirasa Müdahaleler" Kanununun 1. maddesi sayesinde finanse edilmiştir.Manastır, yerel ve merkezi kurumların ortak taahhüdü sayesinde Mayıs 2012'de yeniden halka açılmıştır.