San Magno kriptu uzcēla bīskaps Pietro da Salerno vienlaikus ar katedrāli no 1072.līdz 1104. gadam. Tas bija kalpot kā dārgumu lāde, lai saglabātu visu, ko katedrāle ir vissvētākā: svēto relikvijas. Numurā ir trīs ejas attiecībā pret augšējās baznīcas un trīs apses. Divpadsmit kolonnas identificē divdesmit vienu reizi, kad to attiecīgās sienas ir dekorētas ar izcilu skaistuma ilustrētu ciklu, kas stāsta par cilvēka glābšanu no viņa radīšanas līdz laika beigām. Freskas tiek attiecinātas uz trim anonīmu mākslinieku darbnīcām, kas pazīstamas kā pirmais Anagni meistars vai tulkojumu meistars, otrais Anagni meistars vai Ornatists un trešais Anagni meistars. Stilistisku un vēsturisku iemeslu dēļ Kripta freskas atrodas starp XII gadsimta beigām un XIII gadsimta pirmo pusi.
