San Magno kriptą 1072-1104 m. pastatė vyskupas Pietro da Salerno tuo pačiu metu kaip ir Katedra. Tai buvo tarnauti kaip lobių skrynia, skirta išsaugoti viską, ką katedra turi labiausiai šventą: šventųjų relikvijas. Kambaryje yra trys praėjimai, palyginti su viršutine bažnyčia ir trimis apsais. Dvylika stulpelių nurodo dvidešimt vieną kartą, kad su jų atitinkamomis sienomis puošia išskirtinio grožio vaizdinis ciklas, kuriame pasakojama apie žmogaus išgelbėjimą nuo jo sukūrimo iki laiko pabaigos. Freskos priskiriamos trims anoniminių menininkų dirbtuvėms, žinomoms kaip pirmasis Anagni meistras arba vertimų meistras, antrasis Anagni meistras arba meistras Ornatistas ir trečiasis Anagni meistras. Dėl stilistinių ir istorinių priežasčių kriptos freskos dedamos tarp XII a. pabaigos ir XIII a. pirmosios pusės.
