Kilise tepenin tepesinde güzel bir konumda duruyor. Mevcut kilisenin bulunduğu yerde, XI yüzyılda Camaldolu rahipleri tarafından inşa edilmiş ve Aziz Basil'e adanmış küçük bir kilise vardı. Kilise, 1258'deki Cortona'nın çuvalı sırasında hasar gördü ve 1288'de Santa Margherita tarafından yeniden inşa edildi ve Aziz Basil, Aziz Egidio monako ve İskenderiye Aziz Catherine'e ithaf edildi. Aziz Margaret, bu küçük kilisenin arkasındaki bir odada hayatının son yıllarını yaşadı ve 1297'de orada öldü. Aziz Basil Kilisesine gömüldü. Margherita'nın ölümünden hemen sonra kilisenin yanındaki cortonesi, Giovanni Pisano tarafından tasarlanacak daha büyük bir kilise inşa etti ve 1330'da Azizin cesedini taşıdı. Ondördüncü yüzyıl binasından sadece cephedeki Gül Penceresi, çan kulesi ve koronun dış duvarları kalmıştır. On dördüncü yüzyıl boyunca kilise önemli fresklerle süslenmeye devam etti. Bu duvar döngüsünden bize Piskoposluk Müzesinde korunan sadece birkaç parça geldi, ancak bunun kanıtı, on yedinci yüzyılın bir kodunda, yirmi bir suluboya sahneli belgelerin, 1653'te kaybedilen duvar resimlerinin, zayıf Koruma durumlarından dolayı yıkandıkları zaman korundukları bir kodda korunmuştur. Hayatta kalan parçaların analizi, onları 1335 civarında tarihlendirmeye ve onları Lorenzetti kardeşlerden birinin veya her ikisinin atölyesine bağlamaya götürür. 1385'te kilise, 1389'da hala onunla ilgilenen ve ziyaretçileri ağırlayan gözlemci küçükler tarafından değiştirilen Olivetan rahiplerine emanet edildi. Kilise, on yedinci yüzyıl sunaklarının kaldığı modern çağda birbirini izleyen dönüşümlere sahipti, ancak en önemli dönüşüm, ancak tamamen ortadan kayboldu, 700'lerin ortasında Portekiz Kralı John V tarafından aranıyordu. Azizden bir lütuf almıştı. Mevcut kilise bunun yerine, önce orijinal tek nefin yerini bazilika yapısıyla değiştiren mimar Enrico Presenti'ye, daha sonra kutsal binayı kortonluları memnun etmeden bitiren mimar Mariano Falcini'ye emanet edilen on dokuzuncu yüzyılın yeniden inşasının sonucudur. Bu nedenle, 1896'da mimar Giuseppe Castellucci, eski yıkılan kilisenin on dördüncü yüzyıl gül penceresini göz önünde bulunduran cepheyi yeniden yapmak üzere görevlendirildi. Ağustos 1927'de Küçük bazilika'nın onuruna yükseltildi. Sol transept şapelinde santa Margherita'nın on dördüncü yüzyıldan kalma mermer mezar anıtı; saygıdeğer kalıntılar, Yüksek Sunaktaki gümüş çömlekte (1646) durmaktadır.
