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En la zona en la que ahora se levanta la basílica de Santa Maria sopra Minerva y el monasterio contiguo, se erigían tres templos de la antigua Roma: el Minervium, de origen domiciano erigido en honor a Minerva Chalkidiki, el Isèum dedicado a Isis, y el Serapèum dedicado a Serapis.
Precisamente sobre las ruinas del antiguo Fanum Minervae (dedicado por Gneo Pompeyo a Minerva Calcídica, cuya estatua se encuentra ahora en el Vaticano), se construyó en el siglo VIII un pequeño oratorio dedicado a la Virgen, llamado inmediatamente Minervum, que fue donado por el papa Zacarías a las monjas basilianas que habían huido de Constantinopla debido a la persecución de los iconoclastas. Es muy probable que este primitivo edificio de culto estuviera situado en el brazo izquierdo del crucero de lo que sería, cinco siglos más tarde, la gran iglesia dominica. En 1280, como atestigua una carta fechada el 24 de junio del Papa Nicolás III a los senadores Giovanni Colonna y Pandolfo Savelli, se inició la construcción de la grandiosa iglesia gótica de tres naves, probablemente según el diseño de los dominicos Fra Sisto Fiorentino y Fra Ristoro da Campi (los mismos que construyeron Santa Maria Novella en Florencia). En los años siguientes, el Papa Bonifacio VIII también promovió el proyecto, donando una gran suma de dinero en 1295, seguido por numerosos fieles con sus legados testamentarios. En la segunda mitad del siglo XVI se inició una gran expansión y transformación de todo el complejo minervitano, que para entonces se había convertido en la sede de las altas jerarquías de la orden. En el siglo XVII, tras la reconstrucción de las capillas del transepto, la construcción o reconstrucción de las capillas laterales y la reducción de los arcos de la nave a arcos de medio punto mediante superestructuras de madera y trabajos de estucado, la iglesia adquirió un aspecto predominantemente barroco, y muchas familias nobles promovieron la renovación de sus capillas, encargando obras a Bernini, Baciccia, Rainaldi y otros importantes exponentes del barroco romano.
Cabe mencionar que el 11 de julio de 1667 se erigió en la plaza frente a la iglesia el monumento del pequeño elefante, diseñado por Bernini y ejecutado por Ercole Ferrata, que se convirtió inmediatamente en el símbolo característico de la Piazza della Minerva y que ya forma parte de la vista general desde la iglesia.
Como ya se ha dicho, en el siglo XVIII, a instancias de Benedicto XIII y con planos de los arquitectos Raguzzini y Marchionni, se decoró la fachada y se acentuó el carácter barroco de todo el edificio.
En 1808, con la ocupación napoleónica de la ciudad y la supresión de las corporaciones religiosas, más de dos mil soldados se acuartelaron en el convento, por lo que cuando los dominicos volvieron a su sede en 1814, tuvieron que acometer una serie de obras para reparar los daños causados por las tropas, y fue en este clima cuando maduró la idea de una restauración completa de la iglesia.
A partir del 2 de enero de 1824, el arquitecto dominico Fra' Girolamo Bianchedi recondujo el edificio a líneas más esenciales, eliminando los andamios barrocos de los arcos laterales y trasladando las numerosas tumbas que lo abarrotaban de la gran nave central a las laterales; el templo se reabrió al culto el 3 de agosto de 1855, para celebrar la fiesta del Patriarca Santo Domingo. A pesar de los tortuosos acontecimientos históricos, de los que el edificio aún muestra señales visibles, la basílica es el único ejemplo de iglesia gótica medieval en la ciudad de Roma. Santa Maria sopra Minerva contiene muchas obras de arte. Hermosa es la tumba de Santa Catalina de Siena, magistralmente restaurada en el año jubilar 2000, cuando la escultura fue liberada de las pinturas al óleo que la habían convertido en una estatua de cera en el siglo XIX y devuelta al mármol blanco del siglo XV, por el más ilustre de todos los artistas dominicanos, el pintor Fra' Giovanni da Fiesole, conocido como Beato Angelico, También se conservan muchas obras de arte en la iglesia: el "Cristo resucitado" de Miguel Ángel, fechado en 1519-1520, y la Capilla Carafa, obra maestra de Filippino Lippi, que derrochó lo mejor de su gran arte en los frescos de las paredes y en el magnífico retablo; Detrás de la Sacristía se encuentra la llamativa "Sala de Santa Catalina", reconstruida en 1637 con las mismas paredes que la habitación donde murió en Via di S. Chiara, con frescos muy dañados de la escuela de Antoniazzo Romano. Cabe destacar la Capilla Carafa, construida y decorada espléndidamente entre 1489 y 1492 por el cardenal napolitano Oliviero Carafa en honor a Santo Tomás de Aquino. En las paredes interiores se encuentra el espléndido ciclo de frescos de Filippino Lippi, recientemente restaurado y considerado uno de los conjuntos pictóricos más ricos de finales del siglo XV en Roma.
