Peterskyrkan grundades i slutet av 7: e århundradet av Amandus, en missionär som skickades av de frankiska kungarna för att kristna de hedniska invånarna i regionen, som grundade två kloster i området, St.Bavo och Peterskyrkan på Blandijnberg. Under vintern 879-80 plundrades klostret och plundrades av Normannerna, och det förblev relativt fattigt fram till 10-talet, då donationer av egendom och reliker av greve Arnulf jag berikade det avsevärt, liksom ytterligare donationer av Arnulfs kusin kung Edgar av England. Vid andra hälften av seklet var det det rikaste Klostret i Flandern, och abbey schools rykte sträckte sig långt bortom staden.
År 984, Gerbert av Aurillac, chef för cathedral school of Reims, (senare påven Sylvester II) frågade om studenter från Reims kunde antas till Peterskyrkan, och dess rykte som ett centrum för artes liberales fortsatte in på 11-talet. Peterskyrkan, genom sitt ägande av stora markområden, spelade också en banbrytande roll i odlingen under 12 och 13-talen och förvandlade skogar, hedar och myrar till jordbruksmark. I den 15: e århundradet ett storskaligt program för konstruktion skapade abbey library och scriptorium, förstorade refektory, och klosterkyrkan och andra byggnader avsevärt förskönade.
Peters första nedgång började efter Gents uppror 1539, och på 1560-talet störtades de låga länderna i en religiös kris som resulterade i en attack av ikonoklaster 1566 där klosterkyrkan förstördes, biblioteket plundrades och andra byggnader skadades hårt. Sjukhuset pressades till tjänst som ett tillfälligt hem för munkarna och refektorn som användes som en plats för tillbedjan. Men oppositionen fortsatte och 1578 tvingades abboten och munkarna Fly till Douai. Klosterbyggnaderna såldes på offentlig auktion och rivdes delvis, materialet användes för att bygga stadsmuren. Klostret kom äntligen tillbaka i kyrkans händer 1584, och det byggdes så småningom om, med en ny klosterkyrka, som började 1629, i barockstil, liksom flera andra nybyggnader och renoveringar. Under 18th century, klostret var återigen blomstrande, som nya byggnader byggdes och äldre förstoras, inklusive omvandlingen av den gamla sovsal i ett bibliotek med mer än tio tusen böcker.
Slutet var dock inte långt borta, först med Brabant-revolutionen 1789-90, sedan den franska invasionen 1793. Slutligen avskaffade katalogen den 1 September 1796 alla religiösa institutioner. År 1798 tömdes biblioteket och fördes så småningom till Universitetet i Gent. Från 1798 användes klosterkyrkan som museum, men återlämnades till kyrkans ägande 1801. År 1810 blev resten av klostret egenskapen till staden Gent och rivdes delvis för byggandet av en militär kasern, som förblev på platsen fram till 1948.
Omkring 1950 lanserade staden ett restaureringsprogram, som fortfarande pågår, som började med klostret och kapitelhuset, sedan västra flygeln, inklusive det gamla refektory och kök. Arbetet med vinkällare och vindar slutfördes på 1970-talet, och 1982 slutfördes arbetet på abbey gardens och 1986 terrassen. På 1990-talet började restaureringen av refektory wing.
Klostret används nu som ett museum och utställningscenter, som år 2000 inrymde en stor utställning som en del av kejsar Charles år, och i oktober 2001 var värd för det 88: e mötet i Europeiska rådet.
