Das Stadtmuseum des Palazzo Te befindet sich in den Räumen des Obergeschosses. Es sind vier Sammlungen ausgestellt:
Sektion Gonzaga Die Abteilung besteht aus Materialien, die sich hauptsächlich auf die Geschichte Mantuas in der Gonzaga-Periode (1328-1707) beziehen: ein Münzkabinett, bestehend aus 595 Münzen, die von der Münze Mantua hergestellt wurden, eine Sammlung von Kegeln und Stempeln, die antike Serie von Gewichten und Maßen des Staates Mantua und eine Sammlung von 62 Medaillen der Gonzaga und illustren Menschen von Mantua.
Spende "Arnoldo Mondadori" Die Abteilung besteht aus neunzehn Gemälden von Federico Zandomeneghi (1841-1917) und dreizehn von Armando Spadini (1883-1925), die von Arnoldo Mondadori gesammelt und 1974 von den Erben des Verlegers mantuanischer Herkunft gestiftet wurden.
Ägyptisch "-Sammlung;Giuseppe Acerbi" Giuseppe Acerbi (1773-1846), österreichischer Generalkonsul in Ägypten, nahm 1829 an einigen Phasen der berühmten archäologischen Expedition unter der Leitung von Jean François Champollion teil. Es handelte sich um eine bedeutende Sammlung archäologischen Materials, 500 Stücke, die er 1840 der Stadt Mantua schenkte. Jetzt ist seine Sammlung vollständig im Palazzo Te ausgestellt.
Mesopotamische "-Sammlung;Ugo Sissa" Die Sammlung, bestehend aus Ugo Sissa, mantuanischer Architekt und Maler (1913-1980), Chefarchitekt in Bagdad zwischen 1953 und 1958, besteht aus etwa 250 Werken mesopotamischer Kunst, die zwischen dem Ende des sechsten Jahrtausends v. Chr. und dem Ende des ersten Jahrtausends n. Chr. datiert werden.
