La tomba di santa Chiara fu pensata e voluta fuori la porta urbica, nella chiesa di San Giorgio, dove fu già sepolto provvisoriamente Francesco e dove fu tumulata la Santa il 12 agosto 1253. La chiesa di San Giorgio era appena fuori la porta omonima della città, poco più in basso della strada che, uscendo dalla città, si dirigeva “versus Ispellum”; un’altra strada saliva a san Rufino, ed una terza, costeggiando la muraglia romana, scendeva verso porta Moiano. Pertanto il luogo era detto “Tribium S. Georgii”. Tra la strada e la chiesa sorgeva, da non molto, un ospedale annesso alla chiesa; il tutto dipendeva dal Capitolo della cattedrale.
Mentre per la chiesa-mausoleo, da innalzare in onore di san Francesco, si determinò il luogo solo dopo due anni dalla morte, per quella da dedicare a santa Chiara ci si orientò subito verso la parte opposta della città, accanto appunto alla chiesa di San Giorgio (Marino Bigaroni, La Basilica di S. Chiara in Assisi, p.13). A tre anni dalla morte e a un anno dalla canonizzazione di S. Chiara si iniziò nel 1257 la costruzione della Basilica di Santa Chiara attorno all'antica chiesa di San Giorgio, che fino al 1230 aveva custodito le spoglie mortali di san Francesco. Le spoglie della santa vennero traslate già nel 1260, mentre la consacrazione solenne avvenne nel 1265, alla presenza di Clemente IV. I lavori di costruzione furono eseguiti dall'architetto Filippo da Campello. La cripta che ospita oggi la tomba della santa fu realizzata solamente nel 1850.
