La chiesa di Santa Maria di Rivotorto sorge a pochi chilometri da Santa Maria degli Angeli ed è stata costruita, in stile neogotico dopo il terremoto del 1854, sul luogo di un precedente edificio costruito per proteggere il "Tugurio francescano", oggi conservato all'interno della chiesa. Si tratta delle rovine di un luogo dove, secondo la tradizione, il Santo e i suoi compagni si rifugiavano per pregare e meditare. Sulla facciata della chiesa si trovano gli stemmi della Basilica di San Francesco (da cui dipendeva il santuario) e, sopra la porta principale, la frase: "Hic primordia Fratrum Minorum" (Qui gli inizi dei Frati Minori), che richiama la tradizione, secondo la quale San Francesco ha elaborato le basi della Regola francescana.
L'interno della chiesa è a tre navate, separate da colonne poligonali. Qui si trova l'umile "tugurio di somma umilitate", nel luogo dove fu scoperto, il luogo dove il santo si rifugiò con Bernardo da Quintavalle e Pietro di Catanio. È formato da tre piccole stanze, la seconda delle quali è adibita a cappella, con un altare quattrocentesco della comunione su un cippo ottagonale. Nella chiesa, sulla controfacciata, si trova un dipinto di Domenico Mattei raffigurante San Michele Arcangelo. Alle pareti dipinti di Cesare Sermei che alludono alla storia francescana.
