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O Túmulo de santa Clara foi projetado e queria fora da porta urbica, na Igreja de San Giorgio, onde Francisco já estava temporariamente enterrado e onde o Santo foi enterrado em 12 de agosto de 1253. A Igreja de San Giorgio estava apenas fora do portão homônimo da cidade, um pouco mais abaixo do que a estrada que, deixando a cidade, dirigiu "versus Ispellum"; outra estrada foi até san Rufino, e um terceiro, ao longo do muro Romano, desceu em direção a porta Moiano. Portanto, o lugar era chamado de "Tribium S. Georgii". Entre a estrada e a igreja estava, não há muito tempo, um hospital anexado à igreja; tudo dependia do capítulo da Catedral.
Enquanto para a igreja-mausoléu, para ser erguido em honra de São Francisco, o lugar foi determinada apenas dois anos após a sua morte, para ser dedicada a santa Clara, nós imediatamente orientado para o oposto parte da cidade, junto à Igreja de St. George (Marino Bigaroni, a Basílica de santa Clara, em Assis, p.13). Três anos após a morte e um ano após a canonização de Santa Clara começou em 1257 a construção da Basílica de Santa Clara em torno da antiga Igreja de São Jorge, que até 1230 tinha mantido os restos mortais de São Francisco. Os restos do Santo foram movidos já em 1260, enquanto a consagração solene ocorreu em 1265, na presença de Clemente IV. A obra de construção foi realizada pelo arquiteto Filippo da Campello. A cripta que agora abriga o túmulo do Santo foi construída apenas em 1850.
