A igreja de Santa Maria di Rivotorto fica a poucos quilômetros de Santa Maria degli Angeli, e foi construído em estilo neo-Gótico, após o terremoto de 1854, no local de um antigo edifício construído para proteger a "Tugurio francescano", que agora é mantido dentro da igreja. Estas são as ruínas de um lugar onde, segundo a tradição, o Santo e seus companheiros se refugiaram para orar e meditar. Na fachada da igreja são as cristas da Basílica de são Francisco (que o santuário dependia) e, acima da porta principal, a frase: "Hic primordia Fratrum Minorum" (Aqui o início da ordem dos Frades Menores), que recorda a tradição, segundo a qual a igreja de são Francisco elaborou os fundamentos da Regra Franciscana.
O interior da Igreja tem três corredores, separados por colunas poligonais. Aqui você encontrará o humilde "tugurio di somma umilitate", no local onde foi descoberto, o lugar onde o santo se refugiou com Bernardo da Quintavalle e Pietro di Catanio. É formado por três pequenas salas, a segunda das quais é usada como capela, com um altar de comunhão do século XV sobre um Cipo octogonal. Na Igreja, na contra-fachada, está uma pintura de São Miguel Arcanjo de Domenico Mattei. Nas paredes estão pinturas de Cesare Sermei aludindo à história Franciscana.