Crkveni muzej San Francesco izgrađen je za mlađe redovnike između 1335.i 1338. godine. Muzej se nalazi u tri izložbena prostora: bivša crkva, poznata širom svijeta po ciklusu fresaka koje je napisao Benozzo Gozzoli između 1450.i 1452. godine, prikazujući život svetog Franje, a također sadrži Nativita Perugia (početkom 16. stoljeća) i zidne slike umbrijske škole; umjetnička galerija s djelima Francesca Melanzio, Antoniazzo Romano i umbrijska škola od 1300-ih do 1700-ih; i kripta s arheološkim nalazima, skulpturama i predmetima iz različitih razdoblja.
