Die Errichtung des Studiums wurde von Kaiser Friedrich II. von Schwaben am 5. Juni (nach einigen Quellen am 5. Juli) 1224 durch ein Rundschreiben (generalis lictera) aus Syrakus angeordnet. Da sie auf Geheiß des Kaisers gegründet wurde, gilt die Universität von Neapel als die erste säkulare Universität Europas mit staatlichem Charakter (d. h. sie wurde nicht von Korporationen oder Vereinigungen von Intellektuellen oder Studenten gegründet, sondern aufgrund eines hoheitlichen Dekrets). Es waren vor allem zwei Gründe, die den Kaiser dazu veranlassten, das Studium zu errichten: erstens die ausschließliche Ausbildung des Verwaltungs- und Bürokratiepersonals der curia regis (der herrschenden Klasse des Königreichs) und damit die Vorbereitung von Juristen, die dem Herrscher bei der Festlegung des Staatssystems und bei der Ausführung der Gesetze helfen sollten; zweitens die Erleichterung der kulturellen Bildung seiner Untertanen, um ihnen nutzlose und kostspielige Auslandsreisen zu ersparen.
Die Wahl des Sitzes fiel auf Neapel, und zwar nicht nur aus kulturellen Gründen (die Stadt hatte in dieser Hinsicht eine lange Tradition, die mit der Figur des Vergil verbunden war, der in einem Dokument der damaligen Zeit ausdrücklich erwähnt wird), sondern auch aus geografischen und wirtschaftlichen Gründen (der Seehandel, das milde Klima und die strategische Lage innerhalb des Königreichs waren in gewisser Weise ausschlaggebend). Die Organisation des Studiums stützte sich auf die Arbeit von zwei bedeutenden Juristen aus Kampanien: Pier delle Vigne und Taddeo da Sessa.
