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L'érection du Studium a été décrétée par l'empereur Frédéric II de Souabe le 5 juin (5 juillet selon certaines sources) 1224 par une lettre circulaire (generalis lictera) envoyée de Syracuse. Puisqu'elle a été créée sur ordre de l'empereur lui-même, l'université de Naples est absolument considérée comme la première université laïque d'Europe de type étatique (c'est-à-dire non fondée par des corporations ou des associations d'intellectuels ou d'étudiants mais en vertu d'un décret souverain). Deux raisons principales ont poussé l'empereur à construire le Studium : premièrement, la formation exclusive du personnel administratif et bureaucratique de la curia regis (la classe dirigeante du royaume) et donc la préparation de juristes qui aideraient le souverain à définir le système étatique et à exécuter les lois ; deuxièmement, faciliter l'éducation culturelle de ses sujets, en leur évitant des voyages inutiles et coûteux à l'étranger.
Le choix du siège s'est porté sur Naples pour des raisons non seulement culturelles (la ville avait une longue tradition en la matière, liée à la figure de Virgile, qui est explicitement rappelée dans un document de l'époque), mais aussi géographiques et économiques (le commerce maritime, la douceur du climat et la position stratégique au sein du Royaume ont été, dans une certaine mesure, déterminants). L'organisation du Studium s'est appuyée sur le travail de deux éminents juristes de Campanie : Pier delle Vigne et Taddeo da Sessa.
