Veľkolepá Vila mystérií je azda najznámejšou stavbou zo všetkých vykopávok, pozostáva z približne šesťdesiatich miestností a je ruinou predmestského rímskeho obydlia asi 800 metrov severozápadne od Pompejí. Jej názov pochádza z fresiek v jednej miestnosti obydlia, ktoré podľa väčšiny bádateľov zobrazujú zasvätenie neviest do dionýzovských radovánok.Komplex, čiastočne objavený v rokoch 1909 - 1910, je obdivuhodným príkladom zmesi villa d'otium a villa rustica, ktorá pravdepodobne patrila rodine Istacidovcov, patriacej medzi najvýznamnejšie v augustových Pompejach. Podľa najnovších štúdií pochádza jeho architektonické usporiadanie z 1. storočia pred n. l. s následnými premenami až do obdobia erupcie (79 n. l.).Dnešná dispozícia vily je výsledkom zásahov, ktoré sa uskutočnili po zemetrasení v roku 62 n. l., keď sa začala prestavba budovy z obytnej vily na poľnohospodársky a výrobný komplex. V čase erupcie v roku 79 n. l. prebiehali práce na úprave stavby posledným majiteľom.Luxusná obytná štvrť sa nachádzala na západnej strane a bola orientovaná k moru, osadená na nápadnej perspektívnej osi pozostávajúcej postupne z átria, tablinum a obývacej izby uzavretej na konci panoramatickým fenestrovaným polkruhovým exedrom.Z obývacej izby s exedrou sa bočnou chodbou vchádza do Siene mystérií. Vila vďačí za svoj názov freskám, ktoré zdobia toto triklínium.Sálu mystérií završuje mimoriadny obrazový cyklus, o ktorom bádatelia široko diskutujú a ktorý zaberá stredný pás miestnosti nad podstavcom zdobeným umelým mramorom, ktorý slúži ako pódium. Scéne dominuje božský pár v strede zadnej steny, v ktorom sa identifikujú Dionýz a Afrodita (alebo Ariadna).Vrchol naratívneho napätia dosahuje rituálna scéna, v ktorej kľačiaca žena odkrýva svoj falus, zatiaľ čo okrídlená postava sa chystá na rituálne bičovanie.
