Axel Munthe llegó a Capri por primera vez a los 18 años. En esta ocasión, el futuro médico "chocó" con la realidad de la isla, que era completamente diferente de la realidad parisina, o al menos europea, a la que estaba acostumbrado. Se encontró, de hecho, tratando con personas completamente diferentes a sus conocidos habituales. En Capri, cada uno tenía un papel muy preciso dentro de la "comunidad", independientemente de su extracción social, dictado, muy a menudo, por la tradición y la costumbre. Acompañado por una de estas personalidades, Maria Portalettere, Axel Munthe dio con los restos de un palacio que perteneció al emperador romano Tiberio, flanqueado por una capilla en desuso y un viñedo propiedad del mastro Vincenzo, otro habitante de la isla. Quedó tan impresionado por la belleza de la isla que incluso percibió su espíritu, representado alegóricamente por una figura "envuelta en un rico manto", con la que hizo un "pacto espiritual", según el cual sólo se convertiría en el legítimo propietario del terreno en el que se iba a construir la villa si renunciaba a "la ambición de hacerse un nombre en [su] profesión". Así, Munthe dedicó gran parte de su vida a la construcción de la villa y el jardín. En aquella época los jardines de Capri estaban llenos de hallazgos de las villas romanas que afloraban del suelo, los campesinos los llamaban "cosas de Tibberio" y se los entregaban espontáneamente al médico, que los añadía a su colección de objetos romanos, etruscos y egipcios que había recogido durante sus viajes.
Entre los principales objetos que se pueden admirar en la Villa San Michele se encuentran la cabeza de Medusa que adornaba el templo de Venus en Roma, objetos de arte sacro medieval, muebles del siglo XVIII procedentes de la Toscana, frescos y esculturas romanas como el busto de mármol del emperador Tiberio, la mesa de losa de mármol de Cosmatesque, la araña de hierro forjado siciliana y la esfinge egipcia. Este último se ha convertido casi en un símbolo de la residencia de Axel Munthe y está situado en uno de los puntos más panorámicos de toda la Villa San Michele. Cuenta la leyenda que si se coloca la mano izquierda sobre la Esfinge y se pide un deseo mirando al mar de Capri, éste se hará realidad. En el jardín se puede admirar una serie de plantas características de la flora mediterránea -como camelias, hortensias, hermosos rosales, pinos y cipreses- rodeadas de una típica columnata blanca con pérgola, uno de los rasgos característicos de las villas locales. Además, el jardín ofrece una extraordinaria vista del Golfo de Nápoles. La Villa San Michele es hoy un museo abierto al público y en verano acoge el festival musical Concerti al Tramonto.
La historia de la construcción de la Villa fue relatada posteriormente por Munthe en su libro "Storia di San Michele", un best seller que entró en la lista de los libros más traducidos del mundo.
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