Η εκκλησία βρίσκεται στην κορυφή του λόφου σε μια υπέροχη τοποθεσία. Στο χώρο της σημερινής εκκλησίας υπήρχε μια μικρή εκκλησία που χτίστηκε από τους Καμαλδολέζους μοναχούς τον XI αιώνα και αφιερώθηκε στον Άγιο Βασίλη. Η εκκλησία υπέστη ζημιές κατά τη διάρκεια του σάκου της Κορτόνα του 1258 και ξαναχτίστηκε το 1288 από την Santa Margherita ήταν αφιερωμένη στον Άγιο Βασίλη, τον Άγιο Αιγίδιο Μονακό και την Αγία Αικατερίνη της Αλεξάνδρειας. Η Αγία Μαργαρίτα, σε ένα δωμάτιο στο πίσω μέρος αυτής της μικρής εκκλησίας έζησε τα τελευταία χρόνια της ζωής της και πέθανε εκεί το 1297. Ήταν θαμμένος στην εκκλησία του Αγίου Βασιλείου. Αμέσως μετά το θάνατο της Margherita, ο cortonesi, δίπλα στην εκκλησία, έχτισε μια μεγαλύτερη εκκλησία για να σχεδιάσει ο Giovanni Pisano και το 1330 μετακόμισε το σώμα του Αγίου. Από το κτίριο του δέκατου τέταρτου αιώνα παραμένουν μόνο το τριαντάφυλλο στην πρόσοψη, ο καμπαναριό και οι εξωτερικοί τοίχοι της χορωδίας. Καθ ' όλη τη διάρκεια του δέκατου τέταρτου αιώνα η εκκλησία συνέχισε να είναι διακοσμημένη με σημαντικές τοιχογραφίες. Από αυτόν τον κύκλο τοιχογραφίας έχουν έρθει σε μας μόνο μερικά θραύσματα που σώζονται στο Επισκοπικό Μουσείο, αλλά τα στοιχεία του διατηρούνται σε έναν κώδικα του δέκατου έβδομου αιώνα που τεκμηριώνει με είκοσι μία ακουαρέλες σκηνές τις τοιχογραφίες που χάθηκαν το 1653 όταν, λόγω της κακής κατάστασης διατήρησής τους, ξεπλύθηκαν. Η ανάλυση των σωζόμενων θραυσμάτων τους οδηγεί μέχρι σήμερα γύρω στο 1335 και να τα αποδώσει στο εργαστήριο ενός ή και των δύο αδελφών Lorenzetti. Το 1385 η εκκλησία ανατέθηκε στους Ολιβετανούς μοναχούς, αντικαταστάθηκε το 1389 από τους παρατηρητικούς ανήλικους που εξακολουθούν να την φροντίζουν και να καλωσορίζουν τους επισκέπτες. Η εκκλησία είχε διαδοχικές μεταμορφώσεις στη σύγχρονη εποχή, από τις οποίες παραμένουν οι βωμοί του δέκατου έβδομου αιώνα, αλλά ο σημαντικότερος μετασχηματισμός, αλλά εξαφανίστηκε εντελώς, ήταν αυτός που ήθελε στα μέσα του '700 από τον Ιωάννη Ε, βασιλιά της Πορτογαλίας, ο οποίος είχε λάβει χάρη από τον Άγιο. Η σημερινή εκκλησία είναι το αποτέλεσμα της ανακατασκευής του δέκατου ένατου αιώνα, που ανατέθηκε πρώτα στον αρχιτέκτονα Enrico Presenti, ο οποίος αντικατέστησε τον αρχικό ενιαίο ναό με δομή βασιλικής, στη συνέχεια στον αρχιτέκτονα Mariano Falcini, ο οποίος ολοκλήρωσε το ιερό κτίριο χωρίς να ευχαριστήσει τους κορτονέζους. Ως εκ τούτου, το 1896 ο αρχιτέκτονας Giuseppe Castellucci ανατέθηκε να ξανακάνει την πρόσοψη, η οποία φέρει στο μάτι το τριαντάφυλλο παράθυρο του δέκατου τέταρτου αιώνα της παλιάς κατεδαφισμένης Εκκλησίας. Τον Αύγουστο του 1927 ανυψώθηκε στην αξιοπρέπεια της μικρής βασιλικής. Στο παρεκκλήσι του αριστερού εγκάρσιου τμήματος βρίσκεται το μαρμάρινο επιτύμβιο μνημείο της santa Margherita του δέκατου τέταρτου αιώνα.τα σεβαστά υπολείμματα ξεκουράζονται στην ασημένια λάρνακα (1646) στο ψηλό βωμό.
