Царква стаіць на вяршыні пагорка ў чароўным месцы. На месцы цяперашняй царквы існавала невялікая царква, пабудаваная камальдольскими манахамі ў XI стагоддзі і прысвечаная Святому Васілю. Царква была пашкоджана падчас мяшка Кортона 1258 і адноўлена ў 1288 годзе святой Маргерыта была прысвечана, а таксама святога Васіля, Святога Эгідзія Манака і Святой Кацярыны Александрыйскай. Святая Маргарыта, у заднім пакоі гэтай царквы пражыла апошнія гады свайго жыцця і памерла там у 1297 годзе. Яна была пахавана ў царкве Святога Васіля. Неўзабаве пасля смерці Маргерыта кортонцы, побач з царквой, пабудавалі вялікую царкву па праекце Джавані Піза і ў 1330 пераехаў цела св. з будынка XIV стагоддзя застаюцца толькі разетка на фасадзе, званіца і Знешнія сцены хору. На працягу трохсот гадзін царква працягвала ўпрыгожвацца важнымі фрэскамі. З гэтага цыклу роспісу да нас дайшлі толькі некалькі фрагментаў, якія захаваліся ў Епархіяльным музеі, але захавалася сведчанне пра гэта ў Кодэксе XVII стагоддзя, які дакументуе з 21 акварэльнымі сцэнамі роспісу, страчаныя ў 1653 годзе, калі з-за іх дрэннага стану захавання яны былі разбураныя. Аналіз захаваных фрагментаў падахвочвае датаваць іх каля 1335 года і прыпісваць іх майстэрні аднаго або абодвух братоў Лоренцетти. У 1385 годзе царква была перададзена аліветанскім манахам, замененым у 1389 годзе непаўналетнімі назіральнікамі, якія да гэтага часу клапоцяцца пра яе і вітаюць наведвальнікаў. Царква мела паслядоўныя пераўтварэнні ў сучасную эпоху, з якіх застаюцца алтары стагоддзя, але самым важным пераўтварэннем, але цалкам знікла, было тое, што было пажадана ў сярэдзіне 700-х гадоў Янам V, каралём Партугаліі, які атрымаў ласку ад св. Цяперашняя царква з'яўляецца вынікам рэканструкцыі дзевятнаццатага стагоддзя, ускладзенай спачатку на архітэктара Энрыка Presenti, які замяніў першапачатковую ўстаноўку з адным нефом з базілікай, а затым архітэктар Марыяна Фалькини, які скончыў святое будынак, не дагадзіўшы кортонцам. Таму ў 1896 годзе архітэктару Джузэпэ Кастеллуччи было даручана перарабіць фасад, які нясе ў сабе разетку XIV стагоддзя старажытнай царквы. У жніўні 1927 года ўзведзены ў Сан мінор. У капліцы левага трансепта знаходзіцца Мармуровы магільны помнік Святой Маргарыты XIV стагоддзя; ушанаваныя астанкі спачываюць у срэбнай скрыні (1646) ля галоўнага алтара.
