Свяцілішча прысвечана постаці Святой Маргарыты, заступніцы Картоны і францысканскай Тройцы, а таксама наступнай культурнай і духоўнай дзейнасці назіралых францысканцаў. Пасля смерці святой (22 лютага 1297) было вырашана пабудаваць царкву ў яе гонар, нароўні з старажытнай царквы Святога Васіля, якую сама Маргарыта аднавіла пасля выбару яе ў якасці месца пакаяння і малітвы. У 1304 годзе святое будынак было ўжо пабудавана, але яго працягвалі упрыгожваць важныя фрэскі на працягу ўсяго трыста. З гэтага цыклу роспісу да нас дайшлі толькі некалькі фрагментаў, якія захаваліся ў Епархіяльным музеі, але захавалася сведчанне пра гэта ў Кодэксе XVII стагоддзя, які дакументуе з 21 акварэльнымі сцэнамі роспісу, страчаныя ў 1653 годзе, калі з-за іх дрэннага стану захавання яны былі разбураныя. Аналіз захаваных фрагментаў падахвочвае датаваць іх каля 1335 года і прыпісваць іх майстэрні аднаго або абодвух братоў Лоренцетти. У 1385 годзе царква была перададзена аліветанскім манахам, замененым у 1389 годзе непаўналетнімі назіральнікамі, якія да гэтага часу клапоцяцца пра яе і вітаюць наведвальнікаў. У жніўні 1927 года ўзведзены ў Сан мінор.
