De Kathedraal van Altamura, een van de weinige heilige gebouwen die Frederik wilde, werd niet door hem voltooid. De eerste steen werd gelegd in 1232 tegelijk met de fundering van de stad; de bouw van de kerk ging zeer langzaam omhoog, en pas in de veertiende eeuw, meer dan vijftig jaar na de dood van de keizer, was in staat om op te scheppen van het prachtige portaal, een van de mooiste van Puglia. Hij bedacht het als een architecturale " unicum " zoals Castel Del Monte. Hij maakte het A"Unicum " ook uit juridisch oogpunt, omdat hij het bevrijdde van alle Bisschopsgebied; hij nam het in feite van de macht van de bisschop van het nabijgelegen Gravina en plaatste het in zijn directe afhankelijkheid, zoals een Palatijnkapel, dat wil zeggen, behorend tot het Koninklijk Paleis.